heldendaden uit de Tachtigjarige Oorlog deel te nemen, en verzette zich ook in het openbaar door in woord en geschrifte te protesteren en demonstratief niet mee te vieren. Bij de herdenking van de inname van Den Briel op 1 april 1872 zongen de Amsterdammers daarom op straat: ‘Als Alberdingk niet vlagt, / Dan smijten w'em in de gracht’ en Thijm droeg uit voorzorg in die dagen ‘een heel aardig revolvertjen, waar men 6 schoten na elkaâr mee doen kan’ bij zich.
De eigen wijze waarop Thijm de hem toebedeelde Hollands-katholieke rol speelde, bracht hem in aanraking met vele niet-katholieke auteurs. Hij bereikte daardoor ook een niet-katholiek publiek, dat misschien wel groter was dan de groep voor wie hij als emancipator wilde fungeren. Maar hij achtte gehoor vinden bij andersdenkenden zeker zo belangrijk als het preken voor eigen parochie.
Natuurlijk was Thijm een aanhanger van de Groot-Nederlandse gedachte. Zijn ideeën over stam- en taalverwantschap voerden hem als vanzelf naar Vlaanderen. In 1887 kreeg hij aan de Universiteit van Leuven een eredoctoraat, samen met Guido Gezelle, die hij als dichter al in 1859 in Nederland geïntroduceerd had in zijn Volks-almanak voor Nederlandsche Katholieken. Thijms streven naar eenheid van de taalgenoten aan beide kanten van de grens deed hem actief deelnemen aan de Taal- en Letterkundige Kongressen. Hij stond aan de wieg van Het Woordenboek der Nederlandsche Taal.
Hij stond ook aan de wieg van Monumentenzorg, met zijn vlammende brochure De in-stand-houding onzer monumenten (1848). En aan die van het door zijn zwager P.J.H. Cuypers gebouwde Rijksmuseum. Het ‘Roomse’ uiterlijk van dit gebouw is in de eerste plaats te danken aan Thijms opvattingen omtrent symboliek en eenheid van vorm en inhoud in de architectuur. Hij heeft die geformuleerd in studies als Over de kompozitie in de kunst (1857) en De heilige linie (1858).
Dat hij in 1876 door koning Willem iii benoemd werd tot hoogleraar in de kunstgeschiedenis en schoonheidsleer aan de Rijksacademie voor Beeldende Kunsten te Amsterdam, moet de autodidact Thijm een grote voldoening gegeven hebben. Tijdens zijn professoraat telde hij Van Looy, Toorop, Witsen, Veth, Karsen, Van der Valk en Der Kinderen onder zijn studenten.
Er bestaat waarschijnlijk geen figuur in de Nederlandse letterkunde die zozeer één is geweest met zijn schrijfpen als J.A. Alberdingk Thijm. Hij droeg altijd een portefeuille met papieren bij zich en een opvouwbare