In Wenen raakte Clusius ook bevriend met de Hongaarse
magnaat Boldizsár Batthyányi, adviseur van de keizer, een interessante
persoonlijkheid in de Hongaarse cultuurgeschiedenis. Deze vriendschap was voor
het wetenschappelijk werk van Clusius in Hongarije van het grootste belang.
Clusius verbleef - met kleine onderbrekingen - van 1573 tot 1588 in Oostenrijk
en Hongarije. Daarvan bracht hij een aanzienlijke tijd als gast van Batthyányi
op diens landgoed door, in zijn kastelen in Németújvár en Szalónak (thans
Güssing en Schlaining in Oostenrijk). Batthyányi was een veelzijdig man:
succesvol veldheer in de strijd tegen de Turken, maar daarnaast ook beoefenaar
van wetenschappen, vriend en mecenas van geleerden. Hij sprak verscheidene talen
en had een waardevolle bibliotheek verzameld. Hij stond ook in contact met de
kring van Pieter Breughel de Oudere. Het was niet pure menslievendheid die
Batthyányi ertoe bewoog Clusius in zijn huis uit te nodigen. Hij stelde het zeer
op prijs dat hij door de vriendschap met de Nederlandse geleerde als het ware
met de hele geleerde wereld van Europa in contact kwam. Zijn gastvrijheid was
nochtans een noodzakelijke weldaad. Toen keizer Maximiliaan II in 1576 stierf en
onder zijn opvolger, de katholieke Rudolf II, de protestanten aan het hof in
ongenade vielen, raakte Clusius in vooral financiële moeilijkheden. Toen heeft
deze geleerde Hongaarse magnaat het Clusius mogelijk gemaakt in West-Hongarije
te blijven en zijn wetenschappelijk werk af te maken.
Wat was het wetenschappelijk werk dat Clusius in de Hongaarse streken had
verricht? Op het landgoed van Boldizsár Batthyányi wonend maakt hij - begeleid
door de hofprediker van Batthyányi en soms de landheer zelf - excursies door
West-Hongarije. Zij verzamelden en beschreven planten en paddestoelen, en
tekenden ook de volksnamen ervan op in de talen van de daar wonende bevolking:
in het Hongaars, Duits en Servo-Kroatisch. De volgende werken waren het
resultaat van hun onderzoek:
1. Een boek getiteld Rariorum aliquot Stirpium, per Pannoniam,
Austriam & vicinas quasdam Provincias observatorum Historia,
Antwerpen, 1583. Dit is de eerste beschrijving van de flora van Midden-Europa,
en tevens grondlegging van de moderne botanica, waarvoor kenmerkend is dat die
niet meer uitsluitend de geneeskunde dient, maar een autonome wetenschap is.
2. Een aanhangsel van het eerstgenoemde werk: Stirpium nomenclator
Pannonicus, bekend in twee uitgaven: Németújvár, 1583 (in de drukkerij
van Batthyányi) en Antwerpen, 1584 (door Plantin). Dit is een lijst van
plantnamen, waarin naast 340 Latijnse namen, de Hongaarse en soms de Duitse en
Servokroatische volksnamen van de planten staan. Er zijn zelfs Vlaamse
plantnamen te vinden, bij voorbeeld ‘Armerius vulgaris flo. rubro, quod