Dit brengt ons op een derde probleem, dat eveneens grotendeels impliciet blijft in de canon: de veronderstelling dat er een specifieke en gemeenschappelijke natuurwetenschappelijke methode bestaat die de bètawetenschappen kenmerkt, en die vooral uit de combinatie van experimentele technieken en wiskundige taal zou bestaan. De samenstellers omschrijven inzicht in ‘de natuurwetenschappelijke methode, de manier van het kijken naar de wereld, het ontdekken en uitproberen, het stellen van hypotheses en, niet te vergeten, het gevoel zeker te weten dat iets honderd procent fout is’ (p. 13) zelfs als een ‘hoger goed’ dan feitelijke kennis. Het is ook verleidelijk om in een dergelijke wetenschappelijke methode datgene te zien wat de zinvolle, want exacte, natuurwetenschappen onderscheidt van de - impliciet als zinloos gebrandmerkte - alfa- en gammawetenschappen, en om de natuurwetenschappen als een bevoorrecht gebied van harde feitenkennis te onderscheiden van geestes- en sociaal-wetenschappelijk gewauwel.
Het idee van een unieke en voor alle natuurwetenschappen geldende methode berust op een achterhaalde en zelfs misleidende lezing van de wetenschapsfilosofie van Karl Popper en de (vroege) logisch empiristen; de samenstellers van de bètacanon lijken er echter sporen van te handhaven. Dat blijkt ook uit hun opmerking dat wetenschappelijke kennis ‘grotendeels’ universeel en waardevrij is, en door hun nog veelzeggender opmerking dat de geschiedenis van de natuurwetenschappen een aaneenschakeling van misvattingen en halve waarheden is (p. 12). Daarbij laten ze helaas onbesproken hoe er uit zo veel misvattingen en onwaarheid überhaupt een ware, universele en waardevrije kennis heeft kunnen ontstaan. Dat proces behelst niet simpelweg het uitfilteren van correcte of redelijke inzichten uit een vormeloze brij van irrationaliteit en onwaarheid, of het gestaag aangroeien van kennis: de belangrijkste wetenschappelijke vooruitgang omvat juist het verwerpen van bestaande en gevestigde kennis. Dat geldt voor de copernicaanse revolutie, die het geocentrische wereldbeeld verving door één heliocentrische visie, evengoed als voor de relativiteitstheorie en de kwantummechanica, die de newtoniaanse mechanica zo niet afschaften dan toch radicaal herwaardeerden. Ook Lavoisiers ontdekking van de zuurstof leidde tot het verwerpen van het bestaan van flogiston: veel van wat men dacht te weten, en zelfs in experimenten te zien, werd in zulke zogeheten wetenschappelijke revoluties verworpen.
Dit is natuurlijk het belangrijke inzicht van Thomas S. Kuhn, inmiddels bijna een halve eeuw oud maar blijkbaar nog altijd niet geabsorbeerd in kringen van natuurwetenschappers. In The Copernican Revolution (1957) en het nog beroemdere The Structure of Scientific