in haar geheel naar Deventer te laten gaan. Deventer was immers niet de enige stad met een effectieve lobby, Arnhem had er ook een. Het resultaat was dat alles over de geschiedenis van Gelderland naar Arnhem ging en de overige 90% naar Deventer. De komst van de Harderwijkse boeken was wel aan voorwaarden gebonden. Zo moest Deventer voor een deugdelijk onderkomen zorgen. Dat werd het stadhuis, en dat is zo gebleven tot de verhuizing naar Het Klooster in 1972. Met 950 banden uit Harderwijk, waaronder 28 incunabelen en 128 handschriften, was de Athenaeumbibliotheek in één klap een bibliotheek van nationale allure. Peeters denkt waarschijnlijk terecht dat de plaatsing in het centrum van de lokale macht de belangstelling van de stadsbestuurders heeft gestimuleerd en een eind heeft gemaakt aan de structurele inhoudelijke en materiële verwaarlozing van de bibliotheek.
De geschiedenissen van de bibliotheek en het Athenaeum liepen van 1630 tot 1878 parallel. In 1830 vierde de school het tweede eeuwfeest in een sfeer van euforie en lokale zelfingenomenheid. Dat gebeurde met sprekers die beurtelings de lof van de Illustere School en die van het stadsbestuur zongen. Peeters vertelt het allemaal beeldend. Toen koning Willem i in 1832 het Athenaeum bezocht, stond de bibliotheek niet in het middelpunt van de aandacht. Die ging vooral uit naar het laboratorium en het natuurkundige instrumentarium. De euforie rond het Athenaeum hield nog enkele jaren stand. In 1838 kreeg de school zelfs een nieuw neoclassicistisch gebouw aan de Grote Poot, nu Sociëteit De Hereeniging, dat te groot was voor de paar studenten en hoogleraren. Hoewel de feestelijke jubileumbundel van het Athenaeum in 1830 niet rept over de bibliotheek, gaat Peeters wel uitgebreid in op de laatste decennia van dit instituut. Terecht, want de Athenaeumbibliotheek was nu eenmaal ook de bibliotheek van de hogeschool. Tegelijk lijkt hij de serieuze pogingen tot herstel en aanpassing aan de eisen van de tijd ook te bagatelliseren. De bibliotheek beleefde nog een opleving onder dominee P.C. Molhuysen die als bibliothecaris belangrijke aankopen deed, zoals (post)incunabelen uit de drukkerijen van Richard Pafraet en Jacob van Breda, de eerste generatie Deventer drukkers.
Nadat in 1864 voor het eerst was besloten het Athenaeum op te heffen, werd ook, maar tevergeefs, voorgesteld de bibliotheek weer onder het gezag van het gemeentebestuur te plaatsen, zoals dat in de zeventiende eeuw het geval was geweest. Die bleef echter het speeltje van de hoogleraren, aldus Peeters, die er nationaal en internationaal goede sier mee maakten dankzij nieuwe, gedrukte catalogi, die alle handschriften en incunabelen luid bezongen. Peeters vertelt dat zelfs de tegendraadse Deventer hoogleraar geschiedenis Johannes van Vloten zijn bewondering niet onder stoelen of banken stak. Toch keert de oude benaming stadsbibliotheek steeds vaker in de stukken terug. En terwijl de opheffing van het Athenaeum onvermijdelijk werd, groeide en bloeide de bibliotheek. Alsof er helemaal niets aan de hand was, werden dure abonnementen afgesloten op nieuwe tijdschriften als de Hansische Geschichtsblätter, maar ook op Hebreeuwse woordenboeken. Na de opheffing van het Athenaeum werd de naam veranderd in Stads- of Athenaeumbibliotheek.
De bibliotheek overleefde de opheffing van het Athenaeum, maar ging volgens Peeters als een anachronisme de negentiende eeuw uit en de twintigste in. De nieuwe bibliothecaris J.C. van Slee, alweer een predikant, heeft dat keurig aan het stadsbestuur gemeld en alles gedaan om verdere verloedering te voorkomen. Hij heeft, net als Revius in de zeventiende eeuw, een hoofdrol gespeeld in de geschiedenis van de bibliotheek. Van Slee breidde de collectie uit, publiceerde en liet zich in 1929, op 89-jarige leeftijd, met enige aandrang overhalen met pensioen te gaan. Peeters noemt hem terecht de dinosaurus onder de bibliothecarissen en beschrijft in drie hoofdstukken alle vernieuwingen en veranderingen die hij in 37 jaar doorvoerde. Een ervan gaat over de belangrijke Indische collectie van A.J. Duymaer van Twist, zoon van een rector magnificus van het Athenaeum en van 1851 tot 1856 de gouverneur-generaal van Nederlands-Indië, die door Multatuli werd beschuldigd van knechting van de inlanders. Die collectie is in 1898 door Van Slee beschreven in een aparte catalogus.