Hij en de handhavende kerkeraad verdienden wel van hun ambt ontslagen te worden, doch uit toegeeflijkheid werden zij opgeroepen zich binnen zes weken voor het Amsterdamsche consistorie en afgevaardigden van Deventer te komen zuiveren.
Deze echter achtten zich ongehouden aan deze oproeping te voldoen, en noodigden van hunne zijde de klassikale afgevaardigden naar Leeuwarden om hunne beschuldigingen te bewijzen. Deze stelden alles in het werk om aan de zaak een andere gedaante te geven, doch Muller en den kerkeraad ongehoord veroordeeld hebbende, waren zij onbevoegde regters geworden, en geen hooger kerkelijke regter kon beslissen, zonder dat de kerkeraad van Leeuwarden zulks verlangde. Ondertusschen namen de moeijelijkheden in de gemeente te Leeuwarden toe, totdat er eindelijk den 3 Jan. 1754 in de Luthersche kerk aldaar, in het openbaar, een twistgesprek tusschen Muller en zijne aanklagers Lentz en Karssen, door Johannes Datz, een passementwerker, en Hendrik Meijer, een rijtuigverhuurder, ondersteund, werd gehouden, waarin de laatsten een beslissende neêrlaag kregen.
Het twistvuur, niet gedoofd, zou ligtelijk weêr in laaije vlam zijn uitgebarsten, indien Muller niet in 1756 tot hoogleeraar te Erlangen was beroepen. Hij aanvaardde zijn ambt met eene Dissertatio inauguralis de justa probabilitatis valore (Erl. 1757), werd lid der keizerlijke akademie van natuuronderzoekers te Weenen, en van het koninklijk genootschap te Berlijn, en overleed in 1776.
Hij gaf, behalve eene kosthare overzetting van G.W. Knorr, Deliciae naturae of uitgelezen kabinet van natuurlijke zeldzaamheden welke de drie rijken der natuur aanbieden. Dordr. 1771. 2 d. fol.
De Zedenmeester der kerkelijken. Amst. 17[...] (z.n.)
Lijkreden over het smartelijk afsterven van .... C.A. Muller. Leeuw. 1749. 4o.
Tranen eenes volks over het verlies van een eminent opperhoofd. Leeuw. 1751.
Kort ontwerp der zedelijke oogmerken Gods bij de schepping en regeering der weereld. Amst. 1762. 8o.
Veel hoofden veel zinnen, of wijsgerig onderzoek over het verschil der gemoederen. Amst. 1765. 2 d. 8o. 17[...]0 (4e dr.)
Het belang der Souvereinen en des volks in het vieren van den dank-, vast- en bedendag. Leeuw. herdr. Amst. 1768. 4o.
Eenzame nachtgedagten over de wereld. Amst. 1769 (2e dr.) 1770 3 d. 8o.
Bedenkingen betreffende den dierlijken oorsprong der koraalgewassen, waar achter gevoegd is een Akademische redevoering over den oorsprong en aanwas der Natuurlijke historie, uit het Latijn. Dordr. 1775. 8o.