In Maart 1584 maakte hij te zamen met zijne moeder een testament, waarbij zij een gedeelte van hunne na te latene goederen bestemden tot het oprigten van eene Universiteit of Illustre School, in zijne geboortestad, aan welke uiterste wilsbeschikking alzoo het Atheneum te Deventer zijn ontstaan te danken heeft.
Boedeker, zich tot rust begevende, trad in het huwelijk met Johanna Grotenhuis, welke hij, in den beginne des jaars 1616, kinderloos achterliet, en die zelve in October 1630, den onderdom van 81 jaren bereikt hebbende, is overleden, nadat zij juist den uitersten wil hares echtgenoots had zien ten uitvoer brengen. Zij had namelijk met den aanvang van 1629 de Regering in het bezit gesteld van de voor dat Gymnasium bestemde goederen.
Zie Revius. Davent. Illust. pag. 497-500, 684; Tegenw. Staat van Overijssel D. III, bl. 214 en 215; Fransen van Eck en P. Bosscha, het Tweede Eeuwfeest van het Athen. Illustr. te Deventer bl. 50 en 51.