1687 tot Predikant te Warmond beroepen, van waar hij, na voor eene beroeping naar Tiel bedankt te hebben, in November 1691 naar Zutphen vertrok. Hier verbleef hij slechts twee jaren, daar hij in 1693 naar Amsterdam werd beroepen, welke stad zich in zijn bezit mogt verheugen tot in 1715, toen de Curatoren der Utrechtsche Hoogeschool hem eenen leerstoel in de Godgeleerdheid aanboden, op welke hij zoo door zijne groote geleerdheid, als voortreffelijke gaven en uitmuntende deugden niet weinig heeft uitgeblonken. Als bewijzen zijner grondige studiën heeft hij nagelaten:
Lijkrede op G. Anslaar uit Hebreën XIII:7. Amst. 1694. 4o.
Verklaring over het IX. Kapittel van Daniëls Boek. Amsterd. 1716. 4o.
Over de twee brieven van Paulus aan de Corinthen. Utrecht 1732. 2 deelen.
Specimina analytica in epistolas Pauli quinque, ratione ordinis temporis, quo scriptae sunt, priores.
Specimen analyticum in Epistolam Pauli ad Ephesios.
Over den eersten Brief van Petrus, met de Bijlagen. Amsterd. 1734. 2 deelen. 4o.
Redevoering over de Drieëenheit. Amst. 1734. 4o.
Oeconomia Catechesis Palatinae.
Over de CXI Psalm. Amst. 1735. 4o.
Ontledende verklaring en aanmerkingen over Psalm XXI en XLI, XLVII en CXII, mitsgaders over het Lied van Mozes Deut. XXXV. Amst. 4o.
Redevoering over het Jubelfeest te Utrecht. 4o.
Over de Brief aan de Thessalonicensen. Utrecht 1741. 4o.
Van Alphen schijnt nu en dan de Nederduitsche lier te hebben ter hand genomen, zoo komt hij onder anderen in het stamboek van Joanna Koerten voor.
Hij overleed den 7 November 1742, na driemaal te zijn gehuwd geweest, eerst met Judith van der Maarsche, die hem geen kinderen naliet, toen met Martina Jansdochter Biler, die hem vier zonen schonk, van welke twee, met name Hieronymus en Johan hunnen vader hebben overleefd, en daarna met Cornelia van den Togt, weduwe van Caspar van Roijen, in leven Vroedschap en Burgemeester der stad Utrecht, bij wie hij geene kinderen verwekt heeft. Hij liet den roem na van een man te zijn geweest van ware godsvrucht, treffelijke hoedanigheden, schrander oordeel, groote geleerdheid, en versierd met alle christelijke deugden. Zijne verdiensten zijn door zijnen ambtgenoot Drakenborch, in eene lijkrede, met levendige kleuren geteekend, Zijn portret staat voor zijn werk over den eersten Brief van Petrus.
Zie Kok, Vaderl. Woordenb.; Chalmot, Biogr. Woordenb.; Nieuw Woordenb. der Nederd. Dichters, ten vervolg op Witsen Geysbeek; Glasius, Godgel. Nederl.