toonstelling over Amsterdam stelde zij de Inhoudsopgave van prenten en tekeningen in de Atlas Amsterdam samen, waardoor deze verzameling voor een wijder publiek toegankelijk werd. Het was het eerste werk van haar hand dat in druk verscheen. Tot 1974 zou zij voor het Genootschap werkzaam blijven; sinds 1926 als secretaresse, een functie die zij zonder onderbreking bleef behouden, zodat zij de ideale vraagbaak was voor ieder die iets uit de verzamelingen wilde consulteren.
Voordat Henkel in 1934 door Schmidt Degener met de leiding van het Prentenkabinet werd belast was hij al jaren bezig, geholpen door Majorie Bottenheim, met de voorbereiding van de gedrukte catalogus van de Bibliotheek, een voor Nederland unieke onderneming door het toen nog grootste boekenbezit op kunsthistorisch gebied. De bijdrage van de assistente in de samenstelling van de drie lijvige delen, die tussen 1934 en 1936 verschenen, is zeer substantieel geweest, vooral na 1934, maar dit geldt nog meer van het onmisbare registerdeel, waarin zij de lijsten van de graveurs in de geïllustreerde werken, die Henkel begonnen was, completeerde.
Inmiddels kwam, na de reorganisatie van Schmidt Degener, het bibliotheekwerk èn de organisatie van het kabinet voor een groot deel op haar schouders te rusten. Dit laatste werd vooral in 1939 heel duidelijk toen door het dreigende oorlogsgevaar het Ministerie van o.k. en w. de opdracht gaf om de kunstwerken van het Rijksmuseum naar veiliger oorden over te brengen. Al gauw bleek dat de leiding van het Prentenkabinet niet tegen de problemen van deze verhuizing opgewassen was, zodat het tenslotte aan de kalme zekerheid en organisatorische bekwaamheid van Majorie Bottenheim te danken is, dat de aanvankelijk chaotisch lijkende uittocht goed geregeld werd en in de depots geen verwarring ontstond.
Voor haarzelf volgde daarna de treurige en moeilijke onderduiktijd, die ze door haar geestkracht en ingeboren optimisme met grote zelfbeheersing wist te doorstaan.
Versterkt kwam zij er na de bevrijding uit te voorschijn. Met een herboren werklust was zij de eerste die weer orde ging stichten in het ontredderde kabinet. De herinrichting van de kunstverzameling was door de nieuwe Hoofddirecteur Roëll aan Van Regteren Altena toevertrouwd. Majorie Bottenheim kon zich met die keuze ten volle verenigen omdat zij in ‘de Professor’, zoals ze hem noemde, een man van gezag en een eminente kenner zag. Als zodanig had zij hem in het bestuur van het Oudheidkundig Genootschap leren waarderen. Hoewel zij als zelfstandige bibliothecaris