Sedert 1919 was Elisabeth Jongejan ook als lerares werkzaam. In de cursus 1919-1920 gaf zij les aan de Middelbare School voor Meisjes in de Pieter de Hoochstraat te Amsterdam. Met de latere directrice van deze instelling, Dr. W.L.C. Coenen, opende zij een opleidingscursus voor de akte Middelbaar Nederlands, waar de kandidaten een degelijke voorbereiding ontvingen. In 1920 volgde haar benoeming aan de Christelijke H.B.S. met driejarige cursus, die aanvankelijk gehuisvest was in de onderbouw van de Parkkerk in de Gerard Brandtstraat. In 1925 kon de directeur, Dr. A. de Froe, een nieuw schoolgebouw openen aan het Allebéplein, dat enige jaren later werd herdoopt in Adama van Scheltemaplein. De instelling kreeg de naam van Christelijke Litterair-Economische H.B.S. In de Tweede Wereldoorlog werd het gebouw gevorderd en door de Gestapo in gebruik genomen, tot het bombardement van de R.A.F. dit centrum van de Jodenvervolging in november 1944 heeft verwoest. Een nieuw gebouw is na de oorlog verrezen.
Aan deze H.B.S. heeft Dr. Jongejan meer dan dertig jaren haar beste krachten geschonken. Haar onderwijs was levendig en grondig. De praktische taalbeheersing van de leerlingen ging haar zeer ter harte, maar niet minder hun letterkundige en algemene ontwikkeling. Zij gaf leiding aan de uitbreiding van de schoolbibliotheek en was de onvermoeide stuwkracht voor het organiseren van de feestelijke bijeenkomsten der leerlingen. Met verschillenden van hen ontstond een sterk contact, daar zij, eerlijk en hartelijk als zij was, meestal snel hun vertrouwen won en steeds bereid was hen te helpen bij alle moeilijkheden met hun studie of anderszins. Veel oud-leerlingen bezochten ook in later jaren, toen zij zelfstandig waren, nog dikwijls het huis van Dr. Jongejan, die sinds 1934 samenwoonde met haar vriendin Dr. M.P. Prins, lerares in de Duitse taal en letterkunde.
In de oorlogsjaren hebben de twee vriendinnen zich aangesloten bij de Illegaliteit. Er zijn talrijke vergaderingen van Verzetsgroepen gehouden in hun huis, dat ook een telefonisch centrum was voor het contact met ‘Nederland over de rivieren’. Al de spanningen en emoties van de oorlog hadden evenwel een slechte invloed op de gezondheidstoestand van Dr. Jongejan, zodat zij in 1946 voor herstel van krachten enige maanden in Davos heeft doorgebracht. Tijdens zo'n rustperiode in het buitenland hield zij zich meermalen bezig met het schrijven van letterkundig werk. Zo kwam in Davos een novelle tot stand, in 1950 in Savoye een detectiveroman, die echter niet is uitgegeven.
Auteursrechtelijk beschermd