Brouwer bleef als vast medewerker o.a. aan de Leeuwarder Courant verbonden, waarin hij zijn Parijsche Echo's publiceerde. Deze bijdragen verhoogden het peil van dit, thans ons oudste, blad (29 Juli bestaat het 200 jaar) ze vormden in feite de eerste buitenlandse correspondentie met een persoonlijk cachet in dat orgaan. Zo goed vielen ze in den smaak dat, toen in 1892 de leidende redacteur, Dr Coronel overleed, de directie Brouwer aanzocht om hem op te volgen. Hij aanvaardde zulks met ingang van 1 Januari 1893 en kreeg alras den, bij de Leeuwarder Courant tot dusver niet gebruikelijke, titel van hoofdredacteur. Met recht, want onder Brouwers leiding ontwikkelde zich dit, steeds nogal kleurloos gebleven, blad, dat sedert zijn geboorte in den meest strikten zin ‘journal d'information’ was geweest, tot een bijzonder levendig en fris orgaan. En niet alleen dat Brouwer zijn fraai gestyleerde artikelen over alle mogelijke onderwerpen in de Leeuwarder Courant schreef, hij oefende ook een stimulerenden en bevruchtenden invloed uit op het culturele leven van zijn woonplaats.
Zo richtte hij al heel gauw, in 1894, met Prof. Van Hamel uit Groningen, te Leeuwarden een afdeling van de Alliance Française op en in 1905 stichtte hij met Ds Niemeyer uit Bolsward de Ver. v. Vrijzinnig-Hervormden in Friesland, voor welke vereniging hij in 1908 een uitvoerige verhandeling over de inrichting van onze godsdienstoefeningen hield. Voorts bekleedde hij een aantal bestuurslidmaatschappen, gelijk dat in provinciesteden gebruikelijk is, was medeoprichter van de Industrie- en Huishoudschool en trad, als zeer gewild spreker, herhaalde malen op voor de destijds zeer bezochte ‘Populair Wetenschappelijke Lezingen’. Nimmer werd hij zijn oude liefde, de Franse letteren, ontrouw en de Leeuwarders, als alle bewoners van provinciesteden gauw met het geven van bijnamen, spraken al spoedig alleen nog van ‘Monsieur Brouèr’.
In 1899 huwde Bothenius Brouwer met Catharina Bloembergen, dochter van een Leeuwarder notabele. Hij behoorde toen tot de bepaald populaire figuren van de stad; zijn hoffelijkheid, zijn fijne, Franse, geest en zijn warme belangstelling in personen en zaken namen ieder voor hem in. Gans Friesland verslond zijn ‘buitenlandse overzichten’, vooral toen de Boerenoorlog de toch al emotionele Friezen in heftige beroering bracht en men in Brouwer een hartstochtelijk vertolker van de heersende verontwaardiging en van de vurige verering voor de heldhaftige Boeren vond. Zijn opvolgers, ook schrijver dezer regelen,