verhooren, die met groote tusschenruimten in een tijdsverloop van 4 maanden werden gehouden, hadden weinig beteekenis. Zij werden voortgezet in de hoop bezwarende bekentenissen te zullen ontlokken tegenover Oldenbarnevelt en ook tegenover Louise de Coligny en Frederik Hendrik, die, evenmin als Prins Willem, tot de ‘preciesen’ gerekend konden worden.
Frederik Hendrik was het eens met Oldenbarnevelts gematigde hollandsche resolutie van Jan. 1614, die verdraagzaamheid en vrede op godsdienstig gebied wilde bevorderen. Nadat de omzetting der vroedschappen en der Staten van Holland half Nov. 1618 tot stand was gekomen, kon men ook uit Holland tegenstanders der gevangenen benoemen in de buitengewone rechtbank uit de Staten-Generaal en konden de eigenlijke verhooren een aanvang nemen.
De leden der rechtbank kregen van de Staten-Generaal den waarborg dat noch zij, noch hun nakomelingen ooit om deze zaak gemoeid zouden worden en zij verbonden zich onder eede tot geheimhouding van wat hun, met betrekking tot het proces, zou wedervaren. Hogerbeets verscheen slechts driemaal voor deze rechtbank en nadat het hoofddoel, de veroordeeling van Oldenbarnevelt, was bereikt, aarzelde men of men de Groot en Hogerbeets zou veroordeelen. Men wilde eerst nog een poging doen hen of de nabestaanden tot het vragen van vergiffenis te bewegen. Men liet het schavot staan en er vervoegden zich drie rechters bij Hogerbeets om hem over te halen vergiffenis te vragen of dit door zijn nabestaanden te laten doen. Hogerbeets weigerde het, waarop de rechters verstoord weggaande hem toevoegden: ‘Zoo zult ge dan varen als Barnevelt, het schavot staat er nog.’ Hogerbeets verwachtte dus ter dood te zullen worden veroordeeld maar op 18 Mei werd hij tot eeuwigdurende gevangenschap veroordeeld met verbeurdverklaring zijner goederen.
Hogerbeets wond er zich over op dat men hem bij de motiveering van het vonnis dingen in den mond legde, die hij niet gezegd had en die hij verzocht te willen verbeteren. Toen men hem gebood te zwijgen sloeg hij met de hand op de borst onder het uitspreken van de woorden van Horatius: Hic murus aheneus esto, Nil conscire sibi, nulla palescere culpa. Daarna zag hij in te heftig te zijn geweest en bood hij daarover verontschuldigingen aan.
Hierna werden zijn echtgenoote en zijn oudste dochter Josina bij hem toegelaten en zijn echtgenoote mocht bij hem blijven totdat hij op 5 Juni 's avonds om 11 uur over Delftshaven, Dordrecht, Papendrecht en Gorinchem naar Loevestein vervoerd werd, waar hij op 6 Juni aankwam.
Op het sombere Loevestein werd Hogerbeets onder bewaking gesteld van den luitenant-kommandant Jacob Prouninck genaamd Deventer, een kleingeestig man, die de toch al strenge bepalingen door allerlei plagerijen nog drukkender maakte. Hoewel de voor het onderhoud van Hogerbeets toegestane 24 stuivers per dag voldoende waren, liet hij maar karig wijn verstrekken, was de verlichting onvoldoende, en werd de vochtige kamer, die de bejaarde gevangene niet mocht verlaten, niet behoorlijk verwarmd. Het linnengoed werd niet geregeld verwisseld, het tafelservies en het keukengerei lieten aan zindelijkheid te wenschen over.
Op 8 Juni mocht mevrouw Hogerbeets zich weer bij haar man voegen met den eenigen zoon Adriaan en de dochters Josina en Joanna.