1852 schreef Holwerda: De betrekking van het verstand tot het uitleggen van den Bijbel (Gor. 1853) en eenige andere werken over hetzelfde onderwerp; ook in Jaarb. v. Wetensch. theologie XII: Nog eenige opmerkingen betreffende Mt. 3:15; 27:28, enz.; en in Boekzaal 1855: Antikritik. Van P. Hofman Peerlkamp' s (dl. II, kol. 1079) Opmerkingen betreffende de Staten-overzetting van de Evangelién en Handelingen der apostelen (Amst. 1855) schreef Holwerda een aankondiging in Alg. Konst- en Letterbode van 1855 (no. 44), waarop Peerlkamp antwoordde, terwijl Holwerda liet volgen: Een woord aan den schrijver.... in Bijbl. v.d. Referent (1856), en wederom: Open brief aan den schrijver (ald. 1856). In het Nieuwe Jaarb. v. Wetensch. Theol. I, 55 v.v. schreef hij: Proeve eener verklaring van Rom. 9:5, en later: Nog een woord over Rom. 9:5 (ald. II, 358 v.v.). Op later leeftijd volgde: Annotatio critica in Xenophontis Hellenica (Amst. 1866). Toen G. Vissering in Nov. 1859 den tweeden druk in het licht zond van zijn: Al de boeken des Nieuwen Verbonds (uit het grieksch op nieuw vertaald) (Schoonhoven, z.j.) richtte hij ook ‘een woord van dank tot zijn waarden vriend Dr. J.H. Holwerda’, die hem ‘met den schat zijner grondige kennis meermalen welwillend te dienst heeft gestaan’.
Nog schreef hij: De gedachte aan het oordeel des Heeren... (Gor. 1860), een preek ter bevestiging van een ambtgenoot (A. de Pecker) en in Jaarb. v. Wetensch. theol. (1856): Iets over de plaats van Ignatius in Ep. ad Philad.; in Nieuwe Jaarb. v. wet. theol. (V.): Tischendorfen ed. septima Novi Testamenti; in Letterk. Levensber. (1863): Levensberigt van C.G. Boonzajer (dl. III, kol. 141); in Godgel. Bijdr. (1868): Bijdragen tot de gesch. v.d. canon des N.T.; in Levensbode (1873): Moderne orthodoxie en vergelijkende godenleer.
Zie: de Bie en Loosjes, Biogr. Woordenb. v. Prot. Godgel. in Ned. IV, 194-196; Alphabet. Naaml. v. boeken, enz. (Amst. 1858), 304; Brinkman's Catalogus (Amst. [1884]), 547; Kerkelijk Handboek (1907) Bijl. 116, 166.
Knipscheer