10 Maart 1600 kwam hij te Bantam aan; 2 Mei d.a.v. te Ambon. Hier belegerde hij vergeefs het portugeesche fort te Leitimor, sloot een verbond met de Amboneezen en bouwde het Kasteel van Verre. Na ook Banda bezocht te hebben, keerde hij in 1602 met een rijke vloot naar Nederland terug. Hij trad nu in dienst van de inmiddels opgerichte Vereenigde Oostind. Comp. en voer 18 Dec. van dat jaar aan het hoofd van een vloot van 13 schepen andermaal naar Indië. Voor Mosambicque veroverde en verbrandde hij eenige portugeesche schepen, streed met weinig succes voor Goa, sloeg een aanval van een sterke portugeesche vloot voor Calicut af en sloot een handelsovereenkomst met den keizer van Malabar. Van hier ging een gedeelte der vloot naar Atjeh, het andere deel naar Bantam. 31 Dec. 1604 ontving v.d. H. hier een gezantschap uit Ambon, dat zijn hulp tegen de Portugeezen inriep. Hij trok er heen, nam 23 Febr. het portugeesche fort en noemde het: Kasteel Victoria. De Amboneezen legden den eed van trouw aan de Staten-Generaal af en verleenden de Comp. het monopolie in nagelen. Vervolgens voer hij naar Banda, sloot daar een contract en vestigde er eenige kantoren. 15 Oct. 1605 vertrok hij uit Bantam en was 22 Juli 1606 voor Tessel terug. Geruimen tijd bleef hij nu in Holland, doch voer in 1613 nogmaals naar Indië in gezelschap van den nieuw benoemden G.G. Gerard Reynst, ‘als tweeden persoon naast den Goeverneur-Generael en eersten Raed van Indië’. Bewindhebbers hadden groot vertrouwen in zijn kennis en ervaring, doch hadden hem niet tot G.G. willen benoemen, omdat zij - terecht - vreesden, dat hij het monopoliesysteem niet goedkeurde en dus niet van harte zou uitvoeren. Inderdaad keurde hij openlijk het absolute verbod van inlandschen handel af, ‘want daermede
neemt men die mensen het broot uyt den mont’.
In 1615 kreeg v.d. Haghen opdracht met een eskader een aanval op Malakka te ondernemen. Hij vernietigde voor deze stad een portugeesche vloot, die met een spaansche uit Manilla zou samenwerken, om alle Hollanders uit den Archipel te verdrijven: een indische onoverwinnelijke vloot dus. Door v.d. Haghen's optreden kon deze onderneming niet doorgaan, doch Malakka kreeg hij niet. In de volgende jaren was hij werkzaam in de Molukken, waar hij herhaaldelijk de Engelschen dwars zat; van 1617 tot 1618 was hij Gouverneur van Ambon. In 1619 had hij, naast Coen, de leiding van de vloot, die het fort te Jacatra moest ontzetten; hij nam deel aan de verovering van deze plaats en bleef daar als eerste Raad naast Coen werkzaam tot 7 October 1619. Toen trok hij met De Gouden Leeuw naar patria en kwam 23 Juni 1620 behouden in Goeree aan. Kort daarop werd hij in de vergadering der Staten-Generaal geroepen, om inlichtingen te verstrekken aangaande het optreden der Engelschen bij Bantam en Jacatra. 30 Sept. verscheen hij in de vergadering der Heeren-XVII, waar hij als grondlegger van 's Compagnies gezag op Ambon erkend werd en een gouden keten kreeg ter waarde van 2000 Karoli-guldens.
Nog eenmaal verscheen hij voor de XVII en wel 27 April 1623. Hij verzocht toen toestemming tot het uitgeven van een serie kaarten van Ambon en omstreken, welke toestemming hem verleend werd, ‘mits op zijn eigen kosten’.
Van der Haghen bezat veel takt in den omgang met inlanders en daarbij den moed bij Bewindhebbers te protesteeren tegen maatregelen, die hij tegenover de inheemsche bevolking ongeoorloofd achtte.
Omstreeks 1590 was v.d. Haghen te Utrecht getrouwd met Stephania van der Maet