geestdrift der bevolking van het orangistische Gent zijn intocht in die stad en woonde Zondag 31 Mei het 25-jarig ambtsfeest van Ds. G. in de kerk op den Brabantdam bij.
Ondanks de opstootjes van 25 Aug. 1830, de muiterijen op verschillende plaatsen en het uitsteken van fransche en brabantsche vlaggen in sommige centra van den opstand, bleef het te Gent rustig. Ds. Goedkoop nam zijn diensten geregeld waar in stad en gevangenis. 25 Sept. 1830 werd het congres te Brussel samengeroepen. 28 Sept. vertrokken mevrouw Goedkoop en zoon naar het Noorden en werden bij K.B. de predikanten in de zuidelijke gewesten teruggeroepen. 4 October kwam het congres te Brussel bijeen. Ondanks de goede gezindheid van de gentsche bevolking en van de overheid plunderde op Zaterdag 15 October 1830 het grauw de Hervormde kerk. 19 Oct. werd Ds. G., die zijn woning in een kamer in de gevangenis gekozen had, gedwongen naar Antwerpen te vluchten, waaruit hij 22 Oct. naar Gent terugkeerde. Hij vestigde zich weer in zijn huis. 16 Oct. had de Prins van Oranje zich aan het hoofd van een zuidelijken onafhankelijken staat gesteld. De gemeente te Gent telde door de vlucht nu slechts 70 zielen.
1 Nov. 1830 preekt Ds. G. te Hoorebeke, waarheen hij in een boerenkiel gekleed gaat. 23 Nov. worden de Oranje-Nassau's voor eeuwig van den troon uitgesloten. 24 Nov. werd de Hervormde kerk te Gent opgeëischt voor kazerne. Ds. Goedkoop wist het gebouw te behouden. In 1831 heerschte onrust te Gent. Orangisten of ‘Hollanders’ en Belgen geraakten telkens slaags (beide waren Vlamingen, de eerste liberale, de tweede roomsch katholieke Vlamingen). 4 Febr. werd het gemeentebestuur afgezet. In Mei 1831 wordt het provinciaal kerkbestuur van Limburg ontbonden verklaard. Ten tweeden male in zijn leven zien wij Goedkoop overal in Vlaanderen om protestantsche gemeenten nu niet in te richten maar te redden. Wij treffen hem aan te Dendermonde, Aalst, Hoorebeke, Vilvoorde, Brugge, Oostende, Antwerpen, Brussel. Hij is overal, preekt, doopt, redt de ten ondergang neigende gemeenten. Om Gent door de nieuwe regeering te doen erkennen, richtte hij terstond na de omwenteling een franschen dienst in, en laat de kerkeraadsnotulen jarenlang in het Fransch houden. Wij merken telkens dat hij Orangist bleef en met Met de Penningen samenwerkte, maar het nieuwe bewind vond nooit bewijzen tegen hem. Hij werd belasterd en als spion aangezien, maar bleef onvermoeid doorwerken. In 1832 begon hij met anderen bijbelcolporteurs uit te zenden in het vlaamsche land. 30 Aug. 1834 was hij op audiëntie bij koning Leopold, tijdens diens oponthoud te Gent.
25 Sept. 1837 legde hij met Tiddy, den agent van het Britsch en buitenl. Bijbelgenootschap, den grondslag van de latere Zendingskerk (Evangelisch Genootschap), waarvan hij voorzitter werd.
In 1839 werkte hij mede om de door Holland aan hun lot overgelaten zuidelijke Hervormde kerken tot de Synodale kerk (staatskerk) te vereenigen. 26 Nov. 1843 predikte Ds. Goedkoop te zijnen huize te Gent afscheid, daar zijn borstkwaal hem belette daartoe de kerk te gebruiken.
Toen telde de gentsche gemeente 350 zielen. Ds. Koster Henke volgde hem op.
De belgische staat erkende van zijn 40 dienstjaren enkel de jaren van 1810 af, toen Noord- en Zuid-Nederland beide in hetzelfde staatsverband werden opgenomen (nl. het fransche). De onvermoeibare Ds. G. bleef in zijn huis prediken op de Zondagen, waarop geen godsdienstoefeningen in het Nederlandsch in de Kerk gehouden werden.