40 jaren vele wankelmoedigen getroost en gesterkt. Streng van leven, arm, niets voor zich eischend, werd hij zelfs door de Protestanten aangezien als een man Gods. In de verslagen door het hoofd der missie naar Rome gezonden, 1602, 1616, 1656, wordt hij vermeld als ‘vir mirae sanctitatis, apostolicus et indefessi laboris’. Het verslag van 1602 verhaalt, zonder zijn naam te noemen verschillende wonderbaarlijke genezingen door hem bewerkt. Hij bekeerde in de gevangenis zijn medegevangenen, voorzegde en verklaarde geheime en verborgen zaken enz., zie Archief aartsbisdom Utrecht XVII, 165-167. Hij wordt dan ook in het Necroloog van Haarlem genoemd ‘Admodum Reverendus D. Mr. Martinus Regius, ex. Ninovia Flandriae, Apostolus Foederati Belgii, spontanee pauper, Patriae nostrae Thaumaturgus’. Uit Holland gebannen, week hij uit naar Keulen, waar hij Nic. Wiggers en Corn. Arnoldi hielp in het bestuur van het Hollandsch college. Zij lieten hem 1581 alleen als paedagoog achter. Enkele jaren later bezocht hij zeer dikwijls het verlaten Zeeland. Eens stonden in Vlissingen een troep Protestanten gereed om hem aldaar in het water te werpen. Hij bad Fiat immobilis quasi lapis donec pertranseat servus tuus Domine, en ontkwam zonder leed. Ten slotte geraakte hij in de handen van zijn vervolgers en in de gevangenis. Na een banvonnis uit Zeeland op straffe van de galg, liet men hem vrij. Hij vertrok naar elders om na verloop van tijd toch weer te komen. 1592 schreef Arn. Havensius aan Sasbout, om Mart. Regius te laten uitrusten in Haarlem en hem in zijn plaats naar de Zeeuwsche eilanden te zenden.
Op zijn reizen en doortocht verbleef hij dikwijls te Haarlem bij de Maagden in den Hoek. een soort kloosterstichting of begijnhof. In het verslag der missie van 1622, Arch. aartsb. Utr. XX, 368, wordt hij genoemd als werkend te Haarlem. Met den vicaris Sasbout vertrok hij 21 Sept. uit Keulen: na een langen omweg kwam hij 5 Dec. 1601 te Lingen aan en werkte met veel vrucht te midden der bevolking. 8 Sept. 1606 kondigde hij in St. Plechelmus eenige artikelen van het concilie van Trente af. Andreas Tiara (geb. 1637) zegt dat zijn moeder hem dikwijls gezien had, als hij in het huis harer ouders te Leeuwarden de H. Mis opdroeg, preekte, de H. Sacramenten toediende en de Katholieken der stad en omliggende plaatsen verzorgde.
25 Juni 1601 deden de gerechtsdienaars terwijl hij de gast was van den priester Adrianus van Oirschot te Utrecht, een inval in het huis, meenende, dat daar ook de vicaris der missie Sasbout schuilde. Dezen zochten zij tevergeefs. Martinus Regius werd met zijn gastheer naar de gevangenis gevoerd. Na drie weken werden zij losgelaten; Regius met een banvonnis uit de provincie. Hij trok weer naar elders om zijn missiewerk voort te zetten. Ongesteldheid of ouderdom hielden hem niet terug van zijne voortdurende tochten om soms vele nachten achtereen in huizen, schuren en stallen tot zelfs in het open veld de godsdienstoefeningen te houden. De Jezuïet Georgius schreef 1592: zelfs 100 van de onzen zouden niet zooveel kunnen doen als Regius alleen. Ook tegenspraak en tegenwerken van de Katholieken moest hij ondervinden. Zelfs werd hij in het land van Goes bedrogen door een godsvrucht veinzende maagd, die in zijn naam gelden bijeenzamelde voor eigen gebruik. Regius, die geen rust gekend had, overleed te Utrecht.
Zijn portret, geschilderd door een onbekend kunstenaar, is in het Begijnhof te Amsterdam; gegraveerd portret door C. Bloemaert.
Zie: Batavia Sacra II, 47, 126-127; Historia