1846, zooals hij zelf zeide, ‘van recruut maarschalk werd’, n.l. hoogleeraar te Utrecht in de wijsbegeerte. Intusschen had de hoogeschool te Leiden hem benoemd tot doctor in de letteren honoris causa. Reeds op 8 Febr. 1845 was hem de gouden medaille geschonken voor de beantwoording van een juridische prijsvraag. Dat hij rechtsgeleerde bleef, blijkt uit zijne uitgave: Het Burgerlijk Wetboek (drie deelen, 1849-1852, herzien verschenen in twee deelen) en Het Burgerlijk Wetboek verklaard, 11 deelen (1865-1887). Bovendien laat de verzameling van zijne artikelen, verhandelingen, voorlezingen enz., in 1886 en 1887 verschenen als Losse bladen, zijne begaafdheden zien op het gebied van staat, recht, maatschappij, godsdienst, wijsbegeerte, onderwijs, kunst en letteren.
Te Utrecht werd hij de ‘hooggeschatte leermeester van duizenden in ons vaderland, die hem ontzaglijk veel verschuldigd zijn tot vrijmaking van hun geest, tot verruiming van hun blik, tot behoud van het beste waarop een mensch kan prijs stellen in dit leven ..... Daar ging van Utrecht uit een schok door het land toen de jeugdige Opzoomer 9 Juni 1846 het ambt had aanvaard met De wijsbegeerte den mensch met zichzelven verzoenende. Dat was niet minder dan een formeele oorlogsverklaring aan het ouderwetsche openbaringsgeloof, de aanprijzing van den weg der ervaring, als die alleen tot waarheid leidt, van de wijsbegeerte in die richting gevonden als alleen in staat den mensch te verzoenen met wat hem onrustig en ontevreden doet zijn’ (van Manen). Het was bekend dat hij ook theologie had gestudeerd te Leiden en de schrijver was van het naamloos verschenen Antwoord aan mr. I. da Costa (Leid. 1843). Men wist van zijn aanval op Scholten's werk De leer des Vaders, des Zoons en des Heiligen Geestes. Opzoomer ontwikkelde juist het door Scholten afgekeurde Godsbegrip van Krause. Weldra zou hij dit nog meer opzettelijk doen in De leer van God bij Schelling, Hegel en Krause (1846), waarvan evenwel slechts het eerste stuk verscheen, dat handelde over Krause. Het was alsof het oude was voorbijgegaan, en alles nieuw geworden. 's Menschen kenvermogen werd ontleed en geoordeeld te bestaan in zinnelijke gewaarwording, gevoel van lust en onlust, schoonheidsgevoel, zedelijk gevoel en godsdienstig gevoel. Uit die vijf bronnen van kennis werd een nieuwe wereldbeschouwing ontworpen. Vergeefsch was elke poging om de grondslagen te ondermijnen. Wij noemen vier werken in het bijzonder: De weg der wetenschap; een handboek der logica (1851; binnen vier weken in tweeden druk verschenen, terwijl het later nog twee malen werd uitgegeven als
Het wezen der kennis. Een leesboek der logica); Wetenschap en wijsbegeerte (1857); De waarheid en hare kenbronnen (1859); De godsdienst (1867). Voorts verscheen Het wezen der deugd (1848; twee malen herdrukt als De vrucht der godsdienst). Dit is gevolgd door een reeks van vele geschriften en artikelen.
Het verschil tusschen Opzoomer en Scholten gaf aanleiding tot geschriften, die vaak scherp zijn gesteld. Opzoomer heeft de wijsbegeerte verheven tot meer dan de nederige dienstmaagd van de theologie. Ook voor den godgeleerde, zeide hij, was zij onmisbaar om tot kennis te geraken. ‘Bekleedden bij Scholten een conservatief biblicisme, oude dogmatiek en idealistische speculatie een voorname plaats, bij Opzoomer gold slechts de “hartstocht van de werkelijkheid”’ (Pierson). ‘Gevoelservaring, in het bijzonder van godsdienstig gevoel, moest kenbron voor de geestelijke wereld zijn, zooals zinnelijke waarneming de ervaring