Herlenius aanvaardde alleen de reis en begon weer als vroeger de lessen der filosofie te geven. 21 Mei 1554 werd de nieuwe universiteit plechtig geopend. De eerste rector magnificus, Cornelius Herlenius legde, geknield voor den kardinaal, den eed af volgens de statuten der universiteit en ontving onder statige ceremoniën de eereteekenen van het rectoraat, den rooden schoudermantel, het zegel en den zilveren scepter. Het volgend jaar kwam Lindanus van Dordrecht het getal der professoren, onder welke men beroemde mannen telde, zooals den Spanjaard, Petrus de Soto, vermeerderen.
Herlenius wist spoedig een groot aantal studenten voor de nieuwe universiteit te winnen, zoodat de gebouwen moesten worden uitgebreid. Een nieuw universiteitsgebouw werd aangelegd. De kardinaal legde 14 Mei 1557 den eersten steen, Herlenius den tweeden met een opschrift en zijn naam. Ofschoon de universiteit onder het bestuur van Herlenius in korten tijd tot grooten bloei kwam, bracht het voortdurend verwisselen der professoren groote moeilijkheden mede, waarom de kardinaal te Rome onderhandelingen aanknoopte tot overneming der universiteit door de Jezuïeten. Otto Truchsess von Waldburg riep Herlenius naar Rome, die 20 Maart 1563 de reis aanvaardde om hem met raad en daad bij de onderhandelingen met den generaal der Jezuïeten in te lichten en bij te staan. Tijdens zijn verblijf te Rome liet hij zich inschrijven als lid van de Broederschap der Anima, een nederlandsche stichting. 30 Sept. 1563 keerde hij weer naar Dillingen terug. In November werden de onderhandelingen in Berlijn tot een goed einde gevoerd. 17 Aug. 1564 legde Herlenius zijne eereteekenen van het rectoraat in de handen van den kardinaal neder, die ze overgaf aan Petrus Canisius van Nijmegen, den vertegenwoordiger van de Jezuïeten. Met de eervolste betuigingen sprak de kardinaal over de wijze, waarop Herlenius de onderhandelingen had geleid. De kardinaal benoemde Herlenius tot gubernator der universiteit, waaraan verbonden was de handhaving der rechtsmacht over de studenten in civile- en strafzaken. Tegelijk overhandigde hij hem zijne benoeming tot apostolisch pronotarius. Uitvoerig vindt men de overgave der universiteit beschreven bij Braunsberger IV, 916-927. In verscheiden brieven van P. Canisius komt Corn. H. ter sprake. Herlenius bekleedde zijn nieuw ambt tot 1568. Hij verliet toen Dillingen om bezit te nemen van zijn kanunnikdij van St. Moritz, te Augsburg. 1570 hield hij als bisschoppelijk afgevaardigde de visitatie in het klooster Wettenhausen en
voerde er eene hervorming of herstelling der regeltucht in. Hij overleed te Augsburg, doch zijn lijk werd naar Dillingen gevoerd en met een plechtigen dienst en lijkrede vanwege de universiteit begraven. Hij had aan het college der Jezuïeten aldaar 1000 gulden en zijn bibliotheek geschonken. Hij bedacht ook de pedagogie het Verken te Leuven. De data in Fasti 260, en Analectes XX, 280 zijn geheel onjuist. Deze noemen hem ook proost van Frisingen; deze waardigheid bezat hij waarschijnlijk tijdens zijn rectoraat aan de hoogeschool. Meerdere onjuiste data betreffende Herlenius treft men aan in: Die Rektoren der Universität Dillingen in Jahrb. Hist. Ver. Dillingen IX (1896), 56.
Zie: Thomas Specht, Gesch. der ehem. Universität Dillingen und der mit ihr verb. Lehr- und Erziehungsanstalten (Freiburg 1902) 10, 27, 31, 43, 48, 57, 60; Lang, Studium zur Brudersch. der Anima in Rom. Quartalsschrift (1899), 139; Analectes hist. eccl. Belg. XX, 238; Val. Andreas, Fasti academici (Lov. 1650), 260;