Door de Staten van Friesland herkozen, bleef v. Heemstra lid der Tweede Kamer tot 30 Juni 1848, toen hij tijdelijk tot minister van Eeredienst benoemd werd, welk ambt hem weldra definitief werd opgedragen (ministerie de Kempenaer - Donker Curtius, 21 Nov. 48 - 1 Nov. 49). Kort na zijn aftreden als minister zag hij zich, nog in den loop van Nov. 49, tot lid der Tweede kamer Stat.-Gen. gekozen door 't hoofdkiesdistrict Leeuwarden, dat hij vertegenwoordigde tot 1850, toen hij tot Commissaris des konings in de prov. Utrecht benoemd werd. Een benoeming, hem twee jaar later gedaan tot gouverneur-generaal van de kolonie Suriname, wees hij van de hand. In 1858 vertrok v.H. als Commissaris des konings naar Zeeland, waar hij zich om zijn minzaamheid en kunde opnieuw aller achting verwierf. 2 Mrt. 1860 werd hij tot minister van Binnenlandsche Zaken benoemd, in welke hoedanigheid hij zich vooral verdienstelijk maakte door zijn wetsontwerp tot den aanleg van staatsspoorwegen, dat in beide Kamers met groote meerderheid van stemmen werd aangenomen. Het volgend jaar echter werd zijn begrooting met 37 tegen 33 stemmen verworpen, wat ten gevolge had, dat het geheele ministerie in Jan. 1862 aftrad. Den 31en dier maand werd v.H. tot minister van staat benoemd. Hij vestigde zich metterwoon op ‘Beukenrijk’, bij St. Maartensdijk in Utr., waar hij zich Sept. 1862 nog eens tot lid der Tweede Kamer gekozen zag voor 't distr. Middelburg; hij bleef het tot zijn dood.
Van Heemstra was twee keer gehuwd: 1o. in 1833 met Henriette Hildegonda de Waal, die hem zes kinderen schonk, 2o. met Marianna A.J. Story van Blokland, in 1858.
Zijn portret vindt men in Zelandia Illustrata, vervolg 1885, 9.
Zie: Levensber. Letterk. 1865, 180.
Zuidema