veerde 16 Mei 1597 onder Bronchorst tot J.U.D., na verdediging op 6 Mei eener verhandeling de Jure jurando. De spoedige beëindiging zijner studiën schijnt veroorzaakt door de verwachting om een professoraat te verkrijgen, opgewekt - na van Beyma's vertrek - door de uitlating van curatoren, dat voor eenige jonge mannen gelegenheid zou zijn publieke lessen over Instituten te geven en aldus zich een professoraat te verwerven. En reeds spoedig na zijne inschrijving als advocaat voor den Hove van Holland zag hij deze verwachting vervuld: 9 Nov. 1597 werden Pijnacker en Corn. Swanenburgh tot buitengewoon
hoogleeraar in de Instituten aangesteld. Na den dood van Corn. de Groot in 1611 werden beiden (10 Febr.) tot ordinarius bevorderd. In 1614 met Pauw op de nominatie voor rector magnificus geplaatst, werd deze benoemd. Curatoren ontsloegen hem 11 Aug. 1614, toen zij vernamen, dat hij in onderhandeling was getreden met Groningen om daar aan de op te richten univ. tot prof. benoemd te worden. Hij werd er in datzelfde jaar tot eersten hoogleeraar in de rechten beroepen, woonde de inauguratie daarvan op 23 Aug. 1614 bij, maar ving eerst eenigen tijd later zijne lessen aan en bekleedde van 1616-17 het rectoraat. In 1622 door de Staten-Generaal belast met een diplomatieke zending naar Tunis en Algiers ten einde te trachten aan de zeerooverijen dier staten een einde te maken, droeg zijn optreden hier - mede door zijn ervaring in het italiaansch en arabisch - aanvankelijk goede vruchten, maar toen spoedig na zijn terugkeer de rooftochten weder aanvingen, werd tot een tweede ambassade besloten en Pijnacker in 1625 nogmaals gezonden. Ook nu was een bevredigende verklaring het gunstig resultaat. Door deze herhaalde afwezigheid zag hij zich echter gedwongen zijn professoraat te Groningen neder te leggen. De tijd, waarop dit geschiedde, is niet met zekerheid op te geven. Na terugkeer van zijn tweede zending, vestigde Pijnacker zich ambteloos te Meppel, waar onderzoekingen voor een geschiedenis van Drente hem bezighielden. De uitkomsten daarvan zijn niet bewaard, slechts kaarten van Drente van zijn hand herinneren aan dezen arbeid. In 1636 zag hij zich als opvolger van Bern. Schotanus tot hoogleeraar te Franeker benoemd, welk ambt hij tot zijn dood, 12 Jan. 1645, vervulde, na in 1638 en 1642 het rectoraat te hebben bekleed. Zijn door prof. Wissenbach uitgesproken lijkoratie is niet in
druk verschenen. Pijnacker was tweemaal gehuwd, het eerst met Suzanna van Treslong, de dochter van den Geuzen-admiraal, het laatst met Sybilla Boterpot.
Aan zijn tweeden tocht herinnert een merkwaardige reisbeschrijving onder den titel: De Reyse naer Africa, Tunis, Algiers, etc, gedaen in den Jare 1625 onder 't beleyd van Dr. Ryn-Acker, als Ambassadeur van haere Hog. Mog. tot lossinghe van de Christene Slaven derwaerts gedeputeert (Haerl. 1650) op de leidsche universiteitsbibliotheek. Blijkens dit verhaal, dat den ambassadeur steeds Ryn-acker noemt, stond het schip, waarmede de tocht gemaakt werd, onder bevel van Pijnackers schoonzoon, Cornelis Moens.
Behalve zijne diplomatieke, deden zijne juridische kundigheden hem bij tijdgenooten in hoog aanzien staan; de talrijke door hem gegeven adviezen - waarvan een aantal zijn bewaard -