en maakte van deze gelegenheid weder gebruik om Bardes te treffen, door te bewerken, dat de grafelijkheid zich verbond het schoutambacht, na afloop van de loopende pacht, die in 1566 zou eindigen, weder aan de stad te verpanden. Ondertusschen hadden de twisten aanleiding gegeven tot het ontstaan van twee partijen onder de burgerij: de Schoutisten en de Hendrik Dirkisten. Ook was Bardes, die zich eerst een fel vervolger had getoond, zoodat hij zich nog in 1555 (wel is waar in een verweerschrift) er op beroemde dat onder geen officier in Holland zooveel ketters waren geëxecuteerd als onder zijn bewind, later zachter opgetreden en had hij de om den geloove vervolgden menigmaal, door voorafgaande waarschuwing, in de gelegenheid gesteld zich te redden. Vandaar dat vele aanhangers der Hervorming zijne zijde kozen. Men besloot eene poging te doen om vóór 1566 eene verandering in de samenstelling der stedelijke regeering te bewerken. Nog in 1564 diende een zeventigtal, voor het meerendeel aanzienlijke, burgers bij de landsregeering eene klacht in over misbruiken in het stedelijk bestuur. Naar aanleiding van deze doleantie werd wel door de Landvoogdes op verschillende punten orde gesteld, doch tot een verzetten van den magistraat kwam het niet: en zoo werd Bardes bij het einde van zijn diensttijd, 12 April 1566, niet herbenoemd. Hij vestigde zich daarop in den Haag. Daar werd hij 13 Oct. 1567 in hechtenis genomen, onder beschuldiging van 24 Aug. 1566 een gereformeerd predikant binnen 's Gravenhage te hebben gebracht, en bovendien in verstandhouding te hebben gestaan met den Prins van Oranje en diens aanhangers. Na eene gevangenschap van bijna drie jaren, waarbij hem de pijnbank niet werd gespaard, werd hij, 12 Juni 1570, door den Raad der
Beroerten vrijgesproken, doch wegens andere zaken, vermoedelijk in verband staande met zijne geschillen met de amsterdamsche regeering, naar het Hof van Holland verwezen, dat hem eindelijk in Februari 1571 in vrijheid stelde. Vervolgens vestigde hij zich te Delft, en koos in 1572 openlijk de zijde van den Prins van Oranje. In bekrompen omstandigheden verkeerend, wendde hij voortdurend pogingen aan om van de Staten van Holland betaling te ontvangen van de gelden, hem nog door de grafelijkheid verschuldigd; doch dit gelukte hem slechts ten deele. Tevergeefs verzocht hij in 1574 dat het St. Ursulen-convent, waar hij woonde, hem zou worden afgestaan. Hij verviel ten slotte in een staat van kindschheid, zoodat het den Prins van Oranje, naar Hooft verhaalt, ‘traanen en klaghten kostte, dat zoo bloeyend een vernuft der wyze geknakt en verwelkt was’. 11 November 1577 werd eindelijk aan zijne weduwe, ter voldoening zijner vorderingen, eene losrente door de Staten van Holland toegekend van f 200 's jaars, waarvan echter, tijdens haar leven, slechts éénmaal, 25 Juni 1580, een jaar werd uitbetaald. In 1586 verkreeg haar zoon Willem Bardes, nogmaals twee jaren betaling, en eerst bij resolutie van 8 Nov. 1603 werd de rentebrief definitief geconstitueerd.
Bardes bezat eene penningverzameling, die door Hubertus Goltzius als het eerste der vijf kabinetten wordt genoemd, welke in 1556 door hem te Amsterdam werden bezichtigd.
Bronnen: In de Memoriën van Laurens Jacobsz. Reael (Bijdr. Hist. Gen. XVII (1896) 1) wordt het eerst van de geschiedenis van het complot tegen Bardes melding gemaakt. Pers putte daaruit voor den eersten druk van zijn Ontstelde Leeuw, Hooft behandelde de zaak uitvoeriger. Zie voorts de Beschrijvingen