1879 tot kort voor zijn dood lid van den gemeenteraad te Leiden.
De Goeje's studiën sloten zich aanvankelijk bij die van Dozy aan. Voor dezen was de studie van geschiedenis en geographie der middeleeuwen hoofddoel; om dat doel te bereiken moest een reeks van historische en geographische werken geprepareerd en uitgegeven worden. Een dezer werken, de geographie van Idrisi, hebben beiden gezamenlijk bewerkt (1866). Bij de Goeje is vrij spoedig het toegankelijk maken van arabische teksten hoofdzaak geworden; en hij heeft daarin langzamerhand een ongeëvenaard meesterschap verkregen. Veel rust heeft hij zich niet gegund, zoodat de quantiteit zijner werken geen tegenstelling vormt met de qualiteit. Daarnaast heeft hij eenige monographieën over historische en geographische onderwerpen geschreven: Mémoires d'histoire et de géographie orientales (Leiden 1862-1903). Ook oostersche legenden hebben zijne aandracht getrokken: Duizend en één Nacht, de muur van Gog en Magog, Sindebad, St. Brandaan, Zevenslapers van Efeze; verder heeft hij, vooral in nederlandsche tijdschriften, verschillende opstellen geschreven naar aanleiding van geschriften van anderen, die binnen het bereik van een grooten lezerskring lagen; ten slotte zijn nog tal van oorspronkelijke kleinere artikelen en redevoeringen te vermelden.
Onder de Goeje's uitgaven van arabische teksten moeten er twee afzonderlijk genoemd worden, hoewel geen van de andere onbeduidend is. De eerste is de Bibliotheca Geographorum Arabicorum (Leiden 1890-1894), een werk in 8 deelen, voorzien van registers en glossaren, waarin de belangrijkste en oudste arabische geographen verzameld zijn. Het tweede werk is de uitgave van Tabari's Annalen, waarvan eerst de handschriften met groote moeite moesten aan het licht gebracht worden. Met medewerking van verscheiden geleerden heeft de Goeje de uitgave van dit reuzenwerk volbracht, waarvan alleen het drukken 22 jaar geduurd heeft (Leiden 1879-1901).
In het jaar na zijn benoeming tot buitengewoon hoogleeraar huwde de Goeje te Leiden (27 Juni 1867) met Wilhelmina Henriëtte Leembruggen (overl. 1900). Uit dit huwelijk zijn 5 kinderen geboren; waarvan er drie hunne ouders overleefden: Jan Willem, Wilhelmina Margaretha Agatha en Claudius Henricus.
Leerlingen, die zich min of meer bij zijne studiën aansloten, zijn Houtsma, Snouck Hurgronje, van Vloten, Th.W. Juynboll. Zijn photogr. portret staat in den Leidschen Studentenalmanak van 1882.
Zie: C. Snouck Hurgronje in Jaarboek der Koninkl. Akad. v. Wetenschappen 1909, waaraan een volledige bibliographie is toegevoegd door Th.W. Juynboll; M.Th. Houtsma in Levensber. Letterk. 1910; C. van Vollenhoven in Leidsch Jaarboekje 1910; A. Kluyver in Journal Gypsy Lore Soc. III (1909) 1.
Wensinck