werd hij te Batavia geplaatst als hoofdcommies, doch de resident de Perez, die hem te Makassar had leeren kennen, en die intusschen resident van Soerabaia geworden was, verzocht, dat hij aldaar geplaatst mocht worden en dit geschiedde bij besluit van den gouv.-gen. van 6 Jan. 1852, terwijl hij tevens belast werd met de waarneming van den dienst van ingenieur 1e klasse.
Hier wachtte hem eene zeer gewichtige werkkring, vooral bestaande in de verbetering der landbouwtoestanden. In de eerste plaats moest de verhouding van den afvoer van de twee rivierarmen, waarin de Kali-Mas (bezuiden Soerabaia) zich verdeelt, in gewone omstandigheden verbeterd worden, zoodat de rijst- en suikerrietvelden in alle omstandigheden voldoende hoeveelheden bevloeiingswater zouden kunnen ontvangen. De hoofdtak, die den naam behield, werd door hem bestemd om het bevloeiingswater te leveren, en daarvoor werd in den anderen arm, den Porrong, bij Lengkong eene 122 M. lange beweegbare stuw gebouwd, die in den westmoesson (den regentijd) kon worden weggenomen om het geheele beschikbare profiel voor den waterafvoer te kunnen gebruiken. Hierbij werden met het oog op de groote stuwhoogte (4 M.) schipdeuren van de Bruyns vinding, nader uitgewerkt door Samuel Bennett, directeur der fabriek voor de marine en het stoomwezen te Soerabaia, toegepast; zij voldeden uitstekend. Twee groote bevloeiingskanalen, het Mengittan- en het Porrongkanaal, met een aantal inlaatsluizen en overlaten werden in korten tijd door de Bruyn gebouwd, en de regeering was zoo tevreden over zijn arbeid, dat hij bij besluit van 4 Sept. 1853 ingenieur 1e klasse werd en hem tevens eene gratificatie werd toegekend, en bij dat van 2 Juli 1855 tot hoofdingenieur benoemd werd. Niet alleen de regeering was tevreden over de Bruyns werkzaamheid, maar ook was dit met de voornaamste belanghebbenden, de suikerfabrikanten, het geval zij vereerden hem een huldeblijk.
Nog andere werken van belang werden in dezen tijd door de Bruyn aangelegd, als een droogdokbassin en de verlegging van den mond der Solorivier, wier slib reeds toen het vaarwater door straat Madoera naar Soerabaia verondiepte.
Tegen het eind van 1858 verkreeg de Bruyn wegens geschokte gezondheid verlof naar Europa. Hier was hij de vraagbaak van den minister van koloniën Rochussen op allerlei gebied, en hij deed in het voorjaar van 1860 eene reis naar Frankrijk en Noord-Italië tot onderzoek der aldaar aangelegde bevloeiingswerken.
Toen de Bruyn in Indië terugkwam, werd hij bijna onmiddellijk (18 Apr. 1861) benoemd tot directeur van het departement der burgerlijke openbare werken, eene betrekking, in 1853 geschapen en sedert (behalve van 1877 tot 1889) door een ingenieur bezet. Hij heeft als zoodanig voorstellen tot organisatie van den nederl.-indischen waterstaat gedaan, die van een zeer ruimen blik getuigen, maar geen ingang vonden bij de machthebbenden. De Bruyn heeft steeds tegen die machthebbenden strijd gevoerd, en het liep eindelijk zoo hoog, dat de Raad van Indië in 1865 voorstelde, hem te ontslaan; alleen generaal Kroesen stemde er tegen. Gelukkig was er toen een gouverneur-generaal, die uit eigen oogen zag, Sloet van de Beele, en deze legde het voorstel ter zijde. Sedert met 1 Jan. 1867 de indische comptabiliteitswet ingevoerd werd, en er bovendien een nieuwe gouverneur-generaal optrad, werd de positie van de Bruyn hoe langer hoe onaangenamer, en was dientengevolge de gezondheid