op te richten, bracht Bonifacius na een vruchtbare prediking (732-738) en een derde reis naar Rome (738) deze regeling tot stand. Door den hertog Odilo bijgestaan, richtte hij in Beieren (Beiersch concilie 740; te Salzburg 741) de bisschopszetels van Passau, Salzburg, Freisingen en Regensburg op; vestigde er een te Büraburg voor Hessen, twee voor Thuringen: Erfurt voor het noorden, Wurtzburg voor het zuiden, en voor Nordgau (het noorden van Beieren) dien van Eichstätt. Deze organisatie heeft met enkele wijzigingen (Büraburg en Erfurt zijn verdwenen) de eeuwen dóór stand gehouden.
De frankische kerk verkeerde in een bedroevenden staat; de bisschopszetels stonden verlaten of werden door Karel Martel tot simonistische doeleinden misbruikt; de lagere geestelijkheid was onwetend en onwaardig van levensgedrag, terwijl onder het volk grove bijgeloovigheden heerschten. De H. Zacharias (741), opvolger van den H. Gregorius III, vertrouwde de hervorming toe aan Bonifacius, die haar ten einde bracht in verscheidene concilies, waar hij als pauselijk legaat den voorzittersstoel innam; de voornaamsten er van zijn: dat van Leptine (in Henegouwen 743), waar de benedictijner regel werd voorgeschreven aan de kloosters, welke dien regel nog niet hadden aangenomen; dat van Soissons (744) en het derde duitsche concilie (745), hetwelk de beide kettersche bisschoppen Adalbert en Clemens veroordeelde en de afzetting uitsprak over Gervilieb van Mainz. Bonifacius volgde hem op den aartsbisschoppelijken zetel op. Want toen de kerk in Duitschland voor goed geordend was, moest ze evenals elders een bisschopszetel met metropolitaan-rechten hebben. Paus Zacharias, Pepijn, Karloman en onze heilige hadden Keulen gekozen, doch de frankische geestelijkheid, beducht voor een zoo gestreng hervormer, dwong hem te wijken tot Mainz.
Nadat Bonifacius naar best vermogen de verwoestingen hersteld had, die door de nog heidensche Saksers, ondersteund door Grifo, zoon van Karel Martel, bij hun invallen in het Frankenrijk waren aangericht, en nadat hij zijn leerling Lullus tot zijn koorbisschop had aangesteld, vertrok hij in de lente van 754 naar Friesland, hetgeen hij altijd met groote voorliefde bemind had, op zijn tocht begeleid door een vijftigtal priesters en clerici. Een jaar ongeveer werd besteed aan de bevestiging van het geloof in het bisdom Utrecht.
Zijn laatste daad als aartsbisschop van Mainz schijnt geweest te zijn, de zelfstandigheid van de utrechtsche diocese te handhaven tegen de vermeende aanspraken van den bisschop van Keulen. Willibrord toch was in 739 gestorven en naar allen schijn heeft Bonifacius toen in diens plaats (zoo is ten minste het oordeel van Mabillon) een opvolger aangesteld en gewijd in den persoon van den H. Eobanus. Misschien werd hij zelf bisschop van Utrecht in 753. Tot in het noorden van Friesland, dat nog heidensch was, doorgedrongen, maakte Bonifacius er vele bekeerlingen en sprak met hen af zich bij Dokkum gereed te houden tot het ontvangen van het H. Vormsel; doch in hunne plaats kwamen de heidenen, die hem ombrachten met zijne 52 gezellen (5 Juni 755). Op hunne beurt werden de ongeloovigen door de christenen op de vlucht gedreven, die de lichamen der gevallenen verzamelden en dat van Bonifacius naar Utrecht vervoerden, vanwaar het later (5 Juli) naar Mainz en vervolgens naar de abdij van Fulda gebracht werd overeenkomstig den wensch van den heilige, die in zijn bezorgdheid voor de abdij, welke in vereeniging met zijn