Zijn invloed en geestesrichting werden te Groningen nog meer openbaar, sinds hij er in 1667 een leerstoel in de theologie bekleedde. Hij behoorde namelijk tot de nieuwlichters van zijn tijd, in zoover hij afkeerig was van het heerschende scholastisch- dogmatische stelsel en zich gronde op den bijbel; aan de traditioneele exegese achtte hij zich, als grondig kenner van hebreeuwsch en grieksch, niet gebonden. Deze zienswijze bracht hem spoedig in conflict met zijn collega Maresius, die het dogmatische stelsel voorstond en dat met het vuur van zijn polemischen aanleg verdedigde. Reeds in 1668 legde deze hem 31 punten van beklag voor, gedeeltelijk naar aanleiding van Alting's werk over den sabbat. Alting antwoordde en beide geschriften werden door curatoren der universiteit aan de leidsche faculteit van godgeleerdheid ter beoordeeling gezonden. Deze gaf in een schrijven als haar meening te kennen, dat Alting's inzichten niet kettersch waren en maande beide partijen tot vreedzaamheid aan. Dit schrijven werd evenwel aan partijen niet meegedeeld. Maresius ging voort met Alting van heterodoxie te beschuldigen en de zaak kwam zoover, dat de Staten van Stad en Lande een commissie ad hoc benoemden, die in 1669 beide partijen tot zwijgen bracht en het verspreiden van strijdschriften verbood.
Maresius' gemoed kwam echter opnieuw in beroering, toen hij, men weet niet hoe, kennis kreeg van het schrijven der leidsche faculteit, welker decaan Coccejus was. Hij viel dezen aan in een pamphlet, dat door den aangevallene geen antwoord waardig gekeurd werd; maar Alting nam het voor hem op.
Maresius' leven liep ten einde en vóór zijn dood (1673) had er een verzoening plaats, die evenwel weinig van harte was. Een groot deel van Alting's leven is door deze twisten verbitterd. In 1675 maakte hij nog een reis naar Engeland, die op zijn gezondheid een nadeeligen invloed had. 20 Aug 1679 overleed hij te Groningen; slechts 3 van zijn 8 kinderen (Jan Christiaan, Gerhard en Hendrik) overleefden hem; hij was in 1647 gehuwd met Baudewina Walrich.
Alting's werken zijn gedeeltelijk theologisch, gedeeltelijk philologisch van karakter. Ze zijn in 1687 te Amsterdam onder toezicht van Balth. Bekker gedrukt (Jacobi Altingi Opera omnia 5 tom.). Zijn hebreeuwsche, ‘chaldeeuwsche’ en syrische grammatica's zijn herhaaldelijk afzonderlijk gedrukt en zijn methode heeft bij andere orientalisten navolging gevonden.
Zijn portret is door S.v. Lamsweerde in plaat gebracht.
Zie: B. Bekker in de voorrede der Opera omnia; P.H. Roessing, Jacobus Alting (Groningsche diss. 1864); Boeles in: Jonckbloet, Gedenkboek der Groningsche Hoogeschool 29.
Wensinck