competenties en toelagen aan de geestelijkheid en richtte in 1798 te 's Hertogenbosch een seminarie ter opleiding van geestelijken op. Sedert de opheffing der universiteit van Leuven door de Franschen, was een seminarie voor 't vicariaat eene levenskwestie geworden.
Tijdens het bestuur van van Alphen was de toestand der r.k. Kerk in Noord-Brabant zeer bedroevend. Vooreerst had koning Lodewijk Napoleon 16 Mrt. 1810, daartoe door zijn keizerlijken broeder gedwongen, de Meijerij van 's Hertogenbosch aan Napoleon afgestaan en vervolgens maakten de fransche ambtenaren het den katholieken zeer lastig.
Met hinderlijke nauwgezetheid volgden die ambtenaren alle voorschriften des keizers op, die toen op zeer gespannen voet met de r.k. Kerk en den paus stond. Van Alphen stoorde zich echter in 't geheel niet aan de dwingelandij en vervulde gewetensvol de moeilijke taak van geestelijk bestuurder van de kerk in de Meijerij van den Bosch e.a. 14 April 1810 liet Napoleon hem gevangen nemen, omdat hij geweigerd had, kerkelijke gebeden uit te schrijven voor zijne onderhoorigen, om Gods' zegen over het door Napoleon voorgenomen tweede huwelijk (dat voor de kerk onwettig en ongeldig was) af te bidden.
Nu van Alphen gevangen genomen was, had de keizer de handen vrij, verhief op eigen gezag het vicariaat tot een bisdom en benoemde M.F. van de Camp tot ‘bisschop van den Bosch’. Daar echter de paus beslist weigerde aan van de Camp de canonieke institutie te verleenen, koelde Napoleon zijne woede aan van Alphen. Nadat deze van April tot December 1810 te Vincennes gevangen gehouden was, vervoerde een fransch escorte hem 21 Dec. van laatstgemeld jaar naar Mechelen. Nadat hij vandaar naar Antwerpen was overgebracht, beproefde de keizer hem te bewegen, zijne geestelijke macht aan M.F. van de Camp over te dragen. Daar echter van Alphen met beslistheid deze inmenging in de zaak des pausen afsloeg, werd hij in 't laatst van 1810 wederom te Vincennes opgesloten, waar hij tot 20 Dec. 1813 bleef.
Intusschen spoedde het rijk van Napoleon ten einde. Zoodra hij viel, stortte ook de zetel van den door hem ingedrongen bisschop ineen en verliet deze, nog vóórdat de legers der verbonden mogendheden den Bosch genaderd waren, den geusurpeerden zetel (15 Dec. 1813). Met onbeschrijfelijken jubel werd de vrijgelaten van Alphen te Schijndel weder ingehaald (24 April 1814). De paus keurde het gedrag van van Alphen in alle opzichten goed en liet hem door zijn secretaris Pacca een geschreven bewijs van zijn hoogste tevredenheid ter hand stellen. Na deze troebele dagen begon van Alphen wederom met alle zorg zich aan het heil der toekomstige geestelijkheid te wijden. In 1815 kocht hij het landgoed ‘Veebeek’, onder Berlicum, om daar een seminarium te stichten. In 1817 verplaatste hij deze inrichting naar S. Michiels-Gestel, waar hij het landgoed ‘Beekvliet’ had aangekocht. Wel mocht de waardige vicarius zijn seminarie hier spoedig tot bloei zien komen, maar toch moest hij weder - gelijk te Vincennes - het ingrijpen der wereldlijke macht in de kerkelijke administratie van het seminarie betreuren. Willem I, koning der Nederlanden, sloot 14 Juni 1825 het seminarie, welks deuren zelfs in September 1825 verzegeld werden. Deze toestand van het reeds in 1821 en 1823 vergroote seminarie bleef tot 2 November 1829 duren. Het concordaat, dat de paus met Willem I in 1827 gesloten had, veranderde niets.