Geschiedenis der godsdienst en wijsbegeerte, Leiden 1854 (in het Hoogduitsch vertaald door Redepenning, en in het Fransch door A. Réville onder den titel van: Manuel d'Histoire comparée de la philosophie et de la religion, Parijs en Straatsburg 1861); Geschiedenis der Christ. godgeleerdheid, gedurende het tijdperk des Nieuwen Testaments, Leid. 1856 (niet in den handel); De vrije wil. Kritisch onderzoek, Leid. 1859 (door C. Manchot in het Hoogduitsch en door Dr. F.C. van Goens in het Fransch vertaald in de Revue de Théologie et Philosophie, Lausanne 1875); Het kritisch standpunt van C.W. Opzoomer, Amst. 1860; Over de oorzaken van het hedendaagsche materialisme, Amst. 1860 (in het Fransch vertaald door A. Réville, 1860); De oudste getuigenis aangaande de schriften des N.T.'s, Leid. 1860 (vertaald in het Hoogduitsch door C. Manchot, Bremen 1867); Het Evangelie naar Johannes. Kritisch historisch onderzoek, Leiden 1864 (in het Fransch vertaald door A. Réville, in het Hoogduitsch door H. Lang, Berlin 1867); Supranaturalisme in verband met Bijbel, Christendom en Protestantisme. Eene vraag des tijds beantwoord, Leiden 1867; De doopsformule, Leiden 1869; Het oudste evangelie. Critisch onderzoek naar de samenstelling, de onderlinge verhouding, de historische waarde en den oorsprong der Evangeliën naar Mattheus en Marcus, Leiden 1868 (in het Hoogduitsch vertaald door Redepenning, Elberfeld, 1869, in het Fransch door C.G. Chavannes onder den titel La libre recherche, Parijs en Londen 1875); Het Paulinische Evangelie. Critisch onderzoek van het Evangelie naar Lucas, Leiden 1870; De apostel Johannes in Klein-Azië. Historisch-critisch onderzoek, Leid. 1871 (in het Hoogduitsch vertaald door B. Spiegel, Berlijn 1872); Is de schrijver van het boek der Handelingen dezelfde als die van het derde Evangelie? Leid. 1873; Strauss en het Christendom (in het Engelsch vertaald door Wicksteld in de Theological Review, 1873); Strauss en de godsdienst (id. 1874). Voorts gaf hij in 1853 uit een bundel leerredenen, tusschen 1840 en '47 een drietal Latijnsche redevoeringen, en bijdragen in onderscheiden tijdschriften als de Bijdragen van Willes en Dresselhuis (1844), Jaarboeken van Wetenschappelijke theologie (1848-50), Godgeleerde bijdragen (1855-58), in het Bijbelsch woordenboek de woorden betreffende de inleiding tot de boeken des N.T.'s; verder in den Tijdspiegel (1875) het Theologisch Tijdschrift (1876) en het Christelijk Album (1866-'72), en twee verhandelingen in de Bibliotheek van godgeleerde Letterkunde van Maronier.
(Hand. Mij. Ned. Lett. 1886.)