1512 de kroon op zijn werk, toen hij den edelman Gerbrand Mokkema, ten huize van Wopko Everts te Leeuwarden, met Gabbe Scheltema, toen nog een jongeling, van zijn legerstede liet ligten en geboeid op het blokhuis brengen. Men legde hun, ten onregte, ten laste dat zij oproer hadden willen stichten en eene geheime onderhandeling hadden aangeknoopt met Edzart, graaf van Oost-Friesland, om hem het gebied dezer landen op te dragen en den Saks uit Friesland te verdrijven.
Ook Unema werd beschuldigd aan deze zamenzweering deel te hebben genomen. Kort daarna zien wij hem deelnemen aan den oorlog tegen Groningen; maar toen de hertog voortging met de Friezen te onderdrukken en schattingen op te leggen, spande Unema met eenige edelen zaam om de hulp der Gelderschen in te roepen en met hen de Saksers te verdrijven. Op het einde van 1514 rukten dan ook de Gelderschen met de Friesche ballingen Friesland binnen en namen in korten tijd een groot deel er van in bezit. Nadat de hertog van Saksen, ter neêr gedrukt door zoovele verliezen, in 1515 zijne Friesche bezittingen voor 100,000 rijnsche guldens aan den hertog Karel van Bourgondië verkocht had, keerde Unema naar Friesland terug, en bevond zich in 1516 op zijn voorvaderlijke stins, toen eenige heerschappen, de partij van den Bourgondiër toegedaan, door burgers van Leeuwarden geholpen, zijn stins belegerden, doch door de dappere verdedigers gedwongen werden onverrichter zake terug te trekken. Doch toen de stins kort daarna op nieuw belegerd werd, moest zij voor de overmagt bukken, waarop Unema naar Gelderland vertrok, doch, bij het eiland Urk gevangen genomen, door Groote Pier verlost werd. Niet lang daarna ontmoeten wij Unema met eenige andere heerschappen voor het huis van Jemme Herjuwsma, dat zij innamen. Vervolgens sloegen zij het heleg voor Leeuwarden, dat zij echter moesten opbreken. Ook voor Dokkum stiet hij het hoofd, doch in het volgend jaar werd die stad door de Gelderschen ingenomen en werden de kapiteins Janke Unema en Auke Jarla met 400 soldaten in die stad gelegd om haar te beschermen.
In 1518 kreeg hij met andere edelen verschil met den hertog, dat in het volgende jaar een dreigend aanzien kreeg, toen deze verlangde een renversaalbrief, waarbij hij voorerfheer erkend en hem opgedragen werden zoodanige jaarlijksche inkomsten als aan den hertog van Saksen waren gegeven. Zulks werd geweigerd en hij door den kanselier Hubert beschuldigd, dat hij zich met onregtvaardige zaken inliet. Voor de wraak van den hertog en zijn kanselier beducht, vertrokken zij in stilte naar Groningen, en, toen hun hier het