Hij had zitting toen, den 19den Februarij 1798, de vergadering van gecommitteerde repraesentanten, namens 't uitvoerend bewind, werd ontbonden, en hiervoor werd aaugesteld 't Intermediair administratief Bestuur van Drenthe. Onder de nieuw benoemden was Pothoff, die aanstonds tot voorzitter, voor de eerstkomende 14 dagen werd gekozen, terwijl tegelijk het secretariaat aan den burger W. Singenberg voorloopig werd opgedragen. Den 21sten Junij daaraanvolgende trad hij af, doch werd nog voor 't einde des jaars tot landschrijver benoemd bij den Etstoel, 't geregtshof van Drenthe. Dat was eene vaste regterlijke betrekking. Hij leidde nu het rectoraat te Meppel neder met eene hollandsche redevoering over 't Bestuur der Voorzienigheid zigtbaar in de lot- en standwissel der menschen. Al vroeger schijnt hij deze nieuwe rigting van zijn leven in 't oog gehad te hebben, hij toch was, den 7den Augustus 1797, te Groningen tot docter in de regten bevorderd, In Februarij 1800 werd de Etstoel ontbonden en zijne jurisdictie overgedragen aan het toenmalige hof te Kampen. Pothoff eerst ontslagen, eenige weken later hersteld, bleef om, voor zooveel 't voormalige hof van Drenthe betrof, onder den ouden naam van landschrijver, 't werk van officier van justitie waar te nemen, en nam tevens zitting als lid van het wetgevend ligchaam der Bataafsche republiek. De nieuwe staatsregeling van dat jaar bragt het getal der Vertegenwoordigers op de helft. Pothoff nam zijn ontslag en raakte geheel buiten betrekking, doch aanvaardde in het najaar van 1802 het hem opgedragen schoutsambt van Emmen en Roswinkel. Toen den 17den October 1804, door den invloed van Mr. P. Hofstede, 43 Drenthenaren zich vereenigden om het landschap weder tot een afzonderlijk departement te maken,
was Pothoff onder hen. Na de oprigting van het koningrijk Holland, vereende hij met zijn schoutambt de betrekking van onderinspecteur der middelen te lande. Onze inlijving in Frankrijk deed beide posten ophouden, en werd Pothoff tot vrederegter benoemd van het Canton Dalen. De overlast dien hij hier leed gedurende het beleg van Koevorden, 1813, 1814, de geweldige brand van 1816, waarbij hij al zijne bezittingen verloor, maakte Dalen tot een minder geliefde verblijfplaats voor hem. Hij nam dus zijn verblijf te Koevorden, en bleef daar tot in 1834. Hij stichtte hier met B. Singenberg en J. Wolthusum het departement van het Nut van 't Algemeen. Ook bekleedde hij tot zijn dood toe het ambt van schoolopziener. Hij overleed den 1sten September 1844.
Zie Drentsche Volks-Alm., 1845, bl. 157 volgg.