Myle noch buiten noch binnen de stad over deze zaak zou gemolesteerd worden, gelastten kolonellen en kapiteinen der schutterij hem, toen hij zich, den 12 Maart 1589, wegens zijne particuliere zaken binnen hare muren bevond, ‘haar binnen 's daags zonneschijn te verlaten en niet weder in te komen, zonder acte van den magistraat.’ Den volgenden dag verzocht van der Myle aan schout, burgemeesters en regeerders der stad, dat de hoplieden hun bevel mogten intrekken, doch zij ‘approbeerden de uitzetting,’ waarop hij appelleerde bij den hove van Holland, dat de kolonellen en kapiteinen dagvaarde on in het ongelijk stelde. Ten gevolge hiervan ontstond er een proces tusschen de erven van Arent Cornelisz. van der Myle en de regering voor den hoogen raad, dat eerst in 1595 ten voordeele der eersten werd beslist. Johan overleed te Antwerpen in 1599, bij zijne beide vrouwen Agatha, dochter van Anthonis van den Bosch, burgemeester van Zierikzee, en Christina, dochter van Herman van Blyenborght, schepen te Dordrecht, zeven kinderen nalatende.
Zie van de Wall, Privil. van Dordr. D. II. bl. 1453, 1577, 1582; Balen, Beschrijv. v. Dordr. bl. 329; van Leeuwen, Bat. ill. bl. 1018; De Regt, Geschied- en Aardrijksk. Beschrijv. v.d. Swyndr. waard. bl. 98; Schotel, Dordr. bl. 10, 29.