Tholosanae ab anno Christ. 1307 ad annum 1323, Amst. Henr. Witsten, 1692. in fol. Als eene verkorte uitgave kan men beschouwen L'Hist. de l'Inquisit. et son origine, Col. et Brux. 1693. 12o.
Over den door den hoogleeraar F. Burman tegen v.L. ingebragte beschuldiging van Socinianismus door van der Waayen aangevallen, verdedigde hij zich in de Defensio contra J. van der Waayen iniquam criminationem, Amst. Johan. Groenewoadt, 1699. 12o. Ook achter de derde uitgaaf van de Theol. Christ.
Welstervens Leer voor Zieken, of onderrigtinge om zieken naar de staat van hun voorgaand leven tot sterven te bereiden, Amst. 1700. 12o.
Corumentarius in Acta Apostolorum et in Epistolas ad Romanos et ad Hebraeos, Roterod. 1711. fol.
Hij gaf ook S. Curcellaci, Opera Theologica, Amst. 1675 in het licht, en de Remonstrantsche Societeit heeft aan hem het Formulier van den Doop der bejaarden te danken.
De Bibliotheek der Remonstranten te Amsterdam bezit van hem in handschrift, behalve zijne met Clerieus gewisselde brieven:
Reformatorum de poena Haereticorum Sententia ex variïs auctoribus collecta et exemplis aliquot demonstrata.
Adversaria, 3 vol.
Virorum doctorum ad eum Epistolae.
Epistolae ex Anglia ad eum scriptae.
Twee brieven van hem aan J. Snecanus, 1664-1712.
Historia inquisitionis; cui subjungetur liber sententiarum Inquisitionis Tolosinae, Amst. 1692. Cum notis M. SS. auctoris.
J. Locke Epistolae ad Limborchium.
Kort verhaal van het eerste begin en opkomen van de nieuwe secte der Profeten of Rijnsburgers, door een oog-getuige (Passchier de Fijne), Waerstadt 1671. Hierachter H. SS. en Brieven van Camphuizen, Episcopius, Montanus, Cupus, Passchier en Limborch, alle door den laatstgenoemden geeopieerd. Op de boekverkooping bij M. Martin. Nijhoff, Dec. 1862 komt, behalve brieven van en aan Philippus van Limborch, b.v. van Jac. Joh. Batelier, Eng. van Engelen, S. Episcopius, P. de Groot, A. Poelenburg, Tuyll van Seroskerke, nog voor:
Kopien en brieven van Predikanten over tractementsverhooging; verschillende Gedichten enz. van Ph.v.L. en and. 1 vol. fol.
Zie J Clerici, Orat. Funeb. in obit. Phil. v. Limborch, defuncti d. XXX Aprilas Ao. 1712. habita die 6 Maji, quo sepultus est, ook te vinden achter de 5o uitgaaf van Limborch's Theol. Christ.; Adr. A. Cattenburgh, Bibl. Script. Remonstr. p. 182 seqq; Saxe, Onom. Litter. T. V. p. 74; Muntanghe, Compend. Theol. Christ. passim; Clarisse, Encyclop. (Ind.); A. des Amorie van der Hoeven, Dissert. de Philippo a Limborch theologv; de Clerc, Bibliothèq. choisie, T. XXIV. p. 350 suiv.; Bibl. Univ. et Hist., T. II. Art. III. p. 21-25, T. IV. p. 11-15, T. VII. Art. IX.