en met de regering van Leeuwarden geraadpleegd te hebben, in October 1565 weigerden in de synode te komen, die door den bisschop van Utrecht was zamengeroepen. Hij vergat bij dat alles zijne studiën niet, drong dieper door in de heilige schrift en was ijverig in het onderzoeken der schriften van den grooten Luther. Dit vervulde hem met zulk een weêrzin tegen het kloosterleven, dat hij in 1569 zijn ontslag verzocht en verkreeg, met eene jaarlijksche toelage van vijfhonderd gulden. Nog vóór zijn vertrek naar elders was de nieuw benoemde bisschop van Leeuwarden, Cunerus Petri, zelf te Lidlum gekomen, om rekenschap te vragen van het gehouden beheer van de geldmiddelen der abtdij. Het schijnt wel, dat van Harderwijk hieraan niet gaarne heeft willen of kunnen voldoen, daar hij, zelf voor den bisschop gedagvaard zijnde, ijlings de vlugt naar Emden nam. Hier trad hij, na lang aarzelen, met eene protestantsche vrouw in het huwelijk, die hij echter spoedig te Frankfort aan de pest verloor. Hij zelf werd door die ziekte aangetast en, schijnbaar hersteld, trok hij tot herstel van zijne gezondheid naar Keulen. Daar heerschte dezelfde ziekte, die hem andermaal aantastte en waaraan hij nu, in 1571, bezweek. Het Friesch Genootschap van Geschied-, Oudheid- en Taalkunde bezit van hem een op perkament geschreven:
Missale Romanum, quod scribi curavit D. Ysbrandus Harderwijck, Abbas monasterii Lidlum, anno 1563.
Zie (van Heussen en van Rhijn), Oudhed. en Gesticht. van Vriesl. D. I. bl. 280, D. II. bl. 204-207; Steenstra, Oudheidk. Aanteek. van Barradeel. bl. 93, 94; Schultz Jacobi en Domela Nieuwenhuis, Bijdr. tot de Geschied der Evang. Luth. Kerk, St. V. bl. 179-181, door ons voornamelijk gevolgd; Visscher, Voorlez. over de Geschied. der Roomsche-Kath. Kerk enz. 2de Voorl. bl. 55; Zestiende Versl. der Hand. van het Friesch Genootsch. ter beoef. der Friesche Geschied-, Oudheid- en Taalk. (1844) bl. 124.