Commentatio ad locum Takyoddini Ahmedis Al-Makrizi de expeditionibus a Graecis Francisque adversus Dimyatham, ab anno Christi 702-1221, susceptis, Amstel. 1824. 4o.
Ince ti auctoris liber de expugnatione Memphidis et Alexandriae, Lugd. Bat. 1825. 4o.
Lettre à M. Raoul Rochette sur une inscription en caractères Phéniciens et Grees, récemment découverte à Cyrène, Leid. 1825. 4o.
Réflexions critiques sur quelques points contestés de l'histoire orientale; pour servir de réponse aux éclaircissements de M. de Hammer, publiés dans le Nouveau Journal Asiatique, cahier d'Avril 1829. Leid. 1829. 8o.
Hamaker had namelijk deel genomen aan de uitgave der Bibliotheca Critica nova, en daarin, onder meer boekbeoordeelingen, welke tot het vak der Oostersche letterkunde behoorden, ook eene recensie van een werk van von Hammer geplaatst, welke aanleiding gaf tot een zeer hevigen uitval tegen hem in een buitenlandsch tijdschrift, die hij in genoemde Réflexions uitmuntend van zich afweerde.
Miscellanea Phoenicia, Lugd. Bat. 1828. 4o,
Redevoering over den aard der Zelfstandigheid, haar gewigt voor volken en personen, en hare noodzakelijkheid voor Nederland, Leid. 1831. 8o.
Specimen criticum, exhibens locos Ibn Rhacanis de Ibn Zeidouno, ex codicibus Bibliothecae Lugd. Batav. et Gothanae editos, Lugd. Bat. 1832. 4o.
Commentatio in libr. de vita et morte Prophetarum, qui Graece circumfertur, cet. Amst. 1833. 4o.
Aanmerkingen over de Samaritanen en hunne briefwisseling met eenige Europesche Geleerden: ter gelegenheid der uitgave van eenen nog onbekenden Samaritaanschen brief; geplaatst in Kist en Royaards, Archief voor Kerk. Gesch. D. V. (Leid. 1834. 8o.)
Akademische Voorlezingen over het nut en de belangrijkheid der grammatische vergelijking van het Grieksch, het Latijn en de Germaansche tongvallen met het Sanskrit, Leid. 1835. 8o.
Als niet onverdienstelijk Nederduitsch dichter deed Hamaker zich mede kennen, door een dichtstuk: Aan Professor M. Tydeman, bij de gelijktijdige promotie van drie zijner zonen, den 8sten November 1822, hetwelk op bl. 376 van het 13de deel der Mnemosyne gevonden wordt.
Voorts leverde Hamaker bijdragen tot Siegenbeek's Museum en van Kampen's Magazijn, en hebben wij aan hem de vertaling te danken van het 2de deel van J. von Muller's Algemeene Geschiedenis.