matis assertio contra Mennonis Simonis Frisii anabaptisticas blasphemias, Antv. 1540. kl. 8o.
Van die warachtighe ghemeynte Christi, dwelck is die heylighe kerck oft d' Ecclesie Godts, Antw. 1567. kl. 8o.
Van 't rechte Euangelische Avontmael Christi Jesu, Antv. 1567. kl. 8o.
Een cort onderscheyt tusschen Godlyke ende afgodische beelden. Het tweede boecxken van de Heylighen in den hemel, dwelck syn levendige beelden Gods, Antw. 1567. kl. 8o.
Van die verghiffenisse der sonden ende van die rechtvaerdichmakinghe, Antw. 1568. kl. 8o.
De Paedobaptismo. 1569.
Van die kinderdoop. Het eerste boeck sprekende van die erfzonde, Antw. 1569. kl. 8o.
Van die kinderdoop. Het tweede boeck sprekende van die cracht ende vrucht des doops ende van die nyeuwe gheboorte, Antw. 1572. kl. 8o.
Van die kinderdoop. Het derde boeck verclarende dat men die kinderen moet doopen. Antw. 1591. kl. 8o.
Corte confutatie ende wederlegghinghe van een fenynich boeck des Byencorf der H. Roomscher kercken, (zonder plaats) 1578. kl. 8o.
Catholijcke Catechismus met wederlegghinghe van den Heydelbergsche of ghereformeerde Catechismus, Antw. 1594. kl. 8o.
Bovendien liet Duncanus, volgens zijne levensbeschrijvers Jacobus Hezius en Henricus Vuestrenus, nog verscheidene werken in handschrift na, van welke het ons niet gebleken is, dat zij ooit in het licht gegeven zijn.
Zie in de eerste plaats de door beide bovengenoemde Antwerpsche priesters opgestelde: Corte beschrijvinghe van 't leven ende sterven van den weerdighen Heer Meester Martinus Duncanus (Antw. 1594. kl, 8o.) en vergelijk verder Foppens, Bibl. Belg.; Van Bemmel, Beschrijv. van Amersf. D. I. bl. 244; Schotel, Kerk. Dordr. D. I. bl. 409, 538, 773; Blaupot ten Cate, Geschied. der Doopsgez. in Holland, enz. D. I. bl. 28 en 69; Cat. van de Bibl. der stad Amst. D. I. bl. 114; Römer, de Kloost. en Abd. van Holl. en Zeel. D. I. bl. 337, 449, 586; Visscher, Voorl. over de Geschied. der Kath. Kerk, 2de Voorl. bl. II; J. Wiarda, Huibert Duifhuis, de Prediker van St. Jacob, bl. 157-159, welk voortreffelijk Academisch proefschrift nog niet was uitgegeven, toen wij het artikel van Duifhuis bewerkten.