Dus bleef Brakonier nog Proponent tot op den 14den October 1703, toen hem het beroep van Nijmegen werd opgedragen, vervolgens den 26sten November 1705 te Dordrecht beroepen, gaf hij aan deze roepstemme geen gehoor, maar bedankte; volvaardiger was hij om het beroep den 1sten Maart 1706, te Utrecht op hem gevallen te aanvaarden en hier verbleef bij tot aan zijnen dood toe, welke voorviel den 30sten Maart 1736.
Den 30sten Maart 1708 zich in het huwelijk begeven hebbende met Catharina de Wilde, die wij later mede, als Dichteres, zullen aantreffen, verwekte hij bij haar eenen zoon, die zijnen vader heeft overleefd.
De letterarbeid die van Brakonier is in het licht gegeven bestaat in:
Lijkrede op Ds. de Ruiter. 4o.
Uitgelezene Bijbelstoffen. Utr. 1743. 4o.
Onderwijs in de Grondwaarheden des Christendoms volgens den Catechismus Utr. 1744. 8o, waarvan in 1755 een derde druk verscheen.
Uitgelezene Predikatien uit het Oude en Nieuwe Testament, waarin de stoffen ontleedt volgens de grondtaal nagespeurt, uitgebreid, en op de gemoederen toegepast worden; uitgegeven onder het opzicht en met een Voorreeden van Gijsbertus Matthias Elsnerus. Utr. 1750. 4o.
Uitgezogte Keurstoffen. Utr. 1758. 4o.
Vervolg van uitgezogte Keurstoffen. Utr. 1771. 4o.
Zie van Abkoude, Naamreg. van Nederd. Boeken, D. I. St. III, IV en VI; de Chalmot, Biogr. Woordenb.