Trouwhertige waarschouwinge, aangaande de Dwaalingen der Labadisten. Leeuw. 1683. 8o.
De Heere Jezus Christus voor de alleen ende souvereine Koninck over syne kercke uytgeroepen, in eene verhandeling over Psalm II, 6. Amst. 1668. 4o.
De schreupuleuse omtrent de Communie des H. Avondmaals. Rott. 1690. 8o.
Eerste beginselen. 's Grav. 8o.
Stichtelyke oefeningen over het Avondmaal. Amst. 8o.
Λογιϰη Λατϱεια dat is: Redelyke Godsdienst, in welke de goddelyke waerheden des genade-verbondts worden verklaert, tegenpartyen beschermt en tot de praktyke aangedrongen. Rott. 1700. 3 deel. 4o, van welk werk reeds in het volgende jaar een tweede druk het licht zag, terwijl het in 1795 een twintigste druk beleefde.
Over het doopen voor dooden. Rott. 1710.
Brief behelzende bestiering en opwekking tot en in de Heiligmaking. Rott. 1711. 4o.
Halelujah of verklaring over het Genade verbond. 8o. waarvan de achtste druk in 1737 te Rotterdam het licht zag.
De ware Christen. Amst. 1738. 8o.
Leer en leiding der Labadisten met eene voorrede van J. du Vignon over 't Boek, genaamd Ziels eenzame Meditatien samengestelt door J.E. en uytgegeven door J.B. Rott. 1738. 8o.
Yvon van vele dwalingen overtuigd.
Trouwhartige Brief met eene voorrede van J. Hanapper, over de begenadigde Kracht en Magteloosheid. Rott. 1735. Amst. 1739. 8o.
Brief aan een koopman in Nieuw-Nederland. Rott. 4o.
Brief aan N.N. Gron. 8o.
Godvruchtige Brief. Amst. 8o.
Oeffening over de Voorbereyding, Betragting en Nabetragting van het Heylig Avondmaal, en eene Oeffening hoe een Mensch uit vrye Genade van God bekeert en tot het Geloof in Christus werd overgebragt. Rott. 1751. 8o.
Zielroerende Predicatie. Amst.
Toetsteen der Waarheid en Dwalingen. Amst. 8o.
Brief over het Leven des Geloofs op de beloften. Dord. 1775. 8o.
Waarschouwende bestiering tegen de Piëtisten en Quiëtisten.
Brakel was een der beroemdste Godgeleerden zijner eeuw, wiens werken nog bij geleerden en ongeleerden in hooge achting staan. Hij was een schrander, vooruitziend en werkzaam man, die vroeger den Labadisten zeer genegen was, en een steun is geweest der Schotsche Presbyterianen, welke onder Karel II naar Engeland de vlugt namen. Hij was een ijverig Voetiaansch Godgeleerde en zijne leerredenen zijn geheel op de leest der Voetiaansche predikwijze geschoeid. Voor het, door de navolgers van Voetius aangenomen stelsel, om de overheid het regt in de kerk te betwisten,