mededingers tot Organist van de Nieuwezijds-kapel in zijne geboortestad werd aangesteld. Van dat tijdperk af was zijn roem als Orgelspeler gevestigd; hij deed zich Duitsche en Fransche werken over de muzijk voorlezen en al het goede, schoone en verhevene, dat hij daarin vond, werd het zijne. De kunstgewrochten van Bach, Händel, Haydn, Mozart en andere beroemde Toonkunstenaars leerde hij van buiten en zijn wijsgeerige geest drong diep in het wezen der Toonkunst door; zijn muzijkaal geheugen had hij tot zulk eenen graad van volkomenheid gebragt, dat hij, behalve een aantal Concerten, Sonaten enz. de 48 Preludia's en Fuga's van Bach, de melodiën, en ook de woorden der 150 Psalmen, volmaakt uit het hoofd kende. De vierstemmige zangpartijen en de Klavier-auszug van de Schepping - de Jaargetijden van Haydn en meer anderen, waren hem zoo eigen, dat hij meermalen bij de uitvoering daarvan eene koorpartij zong en geheele repetitiën dier stukken accompagneerde hij met de piano of het orgel Slechts eenmaal had Brachthuiser eene nieuwe compositie te hooren, en hij speelde haar met eene juistheid, die niets te wenschen overliet; reusachtig was zijne kennis en zijne dorst naar wetenschappen onlesbaar, zoodat er bijna geen enkele was, waarover hij niet met een voor zijnen toestand verbazingwekkend oordeel sprak.
Twee-en-twintig jaren oud zijnde, werd hij Organist in de Nieuwe kerk der Hervormde gemeente van zijne geboortestad, en begaf zich twee jaren later, in den echt met Mejufvrouw M.E. Mertens die hem drie kinderen schonk, twee zonen en eene dochters, wier muzijkale talenten en voortreffelijk levensgedrag hen zulk eenen edelen vader waardig maakten. Zijne zonen zijn Johan Daniel Brachthuiser geboren te Amsterdam, den 5den Mei 1804 Muzijkonderwijzer in zijne geboorteplaats en Willem Hendrik Brachthuiser, geboren den 29sten Maart 1806, overleden den 6den Augustus 1833.
Als Organist van een der aanzienlijkste kerken van Amsterdam, was Brachthuiser op zijne regte plaats; de grootsche gewelven weergalmde van zijne verheven toonverbindingen, en zijn stout vernuft voerde de bewondering van zijne toehoorders ten top. Alle deelen der Toonkunst omvatte hij en muntte evenzeer uit in het komische als in het ernstige. Aan deze bewonderenswaardige eigenschappen verbond hij nog eene zeldzame bekwaamheid in het onderwijzen. Doch was Brachthuiser groot als Toonkunstenaar, hij was niet minder edel als mensch. Aan de reinste zeden paarde hij eene gulhartige vrolijkheid, en toonde eene zeldzame grootheid van ziel, om zich boven die, vaak ontmoedigende, teleurstellingen te verheffen, waarmede groote vernuften maar al te dikwijls te kampen hebben Vol gevoel voor zijne lijdende natuurgenooten poogde hij daar, waar hij kon, hun lot te verzachten, voor dat edel doel gaf hij gewillig zijn talent prijs en menig orgelconcert door hem ten voordeele van ongelukkigen gegeven, goot balsem in de wonden zijner natuurgenooten.
Auteursrechtvrij