Thomas werkt in een laboratorium waar hij onderzoekingen verricht in verband met kannibalisme bij ratten. Hij zoekt een middel dat deze dieren er vlugger toe zou aanzetten om elkaar aan te vallen, en dit met het oog op rattenbestrijding in het algemeen (pp. 54-55). Bij het lezen van een verhaal van Wolkers uit de bundel Gesponnen suiker, die hij in de boekenkast van Thomas vindt, komt inspecteur Lambert op een idee (cfr. pp. 49, 62). Gevederde vrienden (want dit verhaal wordt bedoeld) gaat immers over een man die het lijk van zijn vrouw in stukjes aan de meeuwen voedert. Hierdoor verdenkt Lambert, Thomas ervan dat hij Jenny heeft laten verslinden door de uitgehongerde ratten, een veronderstelling die zelfs aan waarschijnlijkheid wint wanneer Alex, de assistent van Thomas, te goeder trouw verklaart dat de ratten de dag na de verdwijning van Jenny helemaal verzadigd leken (pp. 58-59). Hiermee is dan ook de wat eigenaardige titel van dit hoofdstuk verklaard: muizentorensagen hebben immers betrekking op middeleeuwse strafpraktijken, waarbij mensen werden opgesloten in een toren vol ratten en muizen (cfr. p. 71).
Het tweede hoofdstuk bevat ‘een korte briefwisseling’ tussen Thomas, die inmiddels werd gearresteerd, en Leonie. Vooral in verband met de relatie tussen beiden is dit deel van groot belang. Thomas verhaalt zijn ontmoeting met Jenny, waarbij blijkt dat hij eigenlijk verliefd werd op haar spiegelbeeld, want dit is ‘anders dan de werkelijkheid’ (p. 65), en ‘spiegelbeelden bestaan niet’ (p. 67). Het is duidelijk dat ook hier Thomas' verlangen naar het onbereikbare een rol heeft gespeeld. Bovendien had Jenny al tweemaal een abortus gehad (p. 67), iets wat haar in de ogen van Thomas uiteraard het tegendeel maakt van de onvruchtbare Leonie. Handig anticipeert 't Hart hier ook op de eigenlijke opheldering van de misdaad, wanneer hij Thomas en Jenny een bezoek laat brengen aan de afdeling waar allerlei grote dieren op alcohol en formol worden bewaard (p. 67). Verder bevatten deze korte brieven heel wat (achteraf gezien) nuttige informatie aangaande de ontknoping van het verhaal (zoals b.v. Thomas' ontmoeting met Robert, de advocaat en vriend van Jenny, en met een hem verder onbekende man, die later Lambert blijkt te zijn geweest die zelf een verhouding met Jenny had gehad (cfr. pp. 102, 179), of Leonies veronderstelling dat Jenny met Robert naar Zuid-Amerika is vertrokken). Bovendien groeit er een zeldzame verstandhouding tussen het echtpaar Kuyper, nu ze in zekere zin een gezamenlijke vijand hebben te bekampen in de persoon van inspecteur Lambert.
Het derde deel: Het dagboek van Leonie, betreft, zoals de titel al laat vermoeden, de overdenkingen en reacties van Leonie zelf op de hele zaak. Zij zoekt naar bewijzen voor Thomas' onschuld én tegelijkertijd