Naauwelijks was deze vier dagen in zee of men kreeg de Engelsche vloot onder bevel van den admiraal Duncan in het gezigt en had er op den 11den October 1797 bij Kamperduin een hardnekkige en bloedige zeeslag plaats, die drie uren duurde, waarin men van beide zijden wonderen van dapperheid verrigtte, en groote verliezen leed, maar waarin ook onze zeemagt het onderspit moest delven, de Winter met zijn deerlijk gehavend schip ‘de Vrijbeid’ en nog 7 andere schepen in handen der Engelschen viel en benevens een groot aantal hoogere en lagere bevelhebbers als krijgsgevangen naar Engeland gevoerd werd. Hier werd hij met onderscheiding behandeld en na eene gevangenschap van omstreeks twee maanden ontslagen zijnde, keerde hij in December hier te lande terug, verzoekende aan de nationale vergadering zich te mogen verantwoorden, hetgeen voor'shands werd geweigerd. Inmiddels gaf de regering der stad Amsterdam bij zijn vertoeven aldaar hem een blijk van hulde en erkentelijkheid, door het op haren last ten tooneele voeren van het vaderlandsche tooneelspel Jacob Simonszoon de Rijk, tot het bijwonen waarvan de Winter beleefdelijk werd uitgenoodigd. Te midden van een daverend handgeklap verscheen hij in de zaal en ontving eene welkomstgroet ten dien einde door den dichter Brender à Brandis vervaardigd. Het leed echter niet lang of de Winter werd door den daartoe gekozene oorlogsraad volkomen geregtvaardigd en verklaarde deze dat hij in het gevecht op den 11den October de eer der Bataafsche republiek roemrijk gehandhaafd had.
In Julij 1798 werd de Winter als gezant naar Frankrijk gezonden en bekleedde dien post tot in 1802, toen hij naar Holland geroepen werd om aan het hoofd der zeemagt te staan. De Tripolitaansche regering had aan de republiek herhaalde malen redenen van ontevredenheid gegeven en werd de Winter dientengevolge met een sterk eskader derwaarts gezonden. Gedurende eenige maanden hield hij de kusten van Burbareyen bezet en na de verschillen tusschen de beide regeeringen uit den weg te hebben geruimd, sloot hij tusschen haar eene gewenschte vrede.
Lodewijk Napoleon, koning van Holland geworden zijnde, schonk aan de Winter zijn volle vertrouwen, benoemde hem tot maarschalk van het rijk, tot graaf en tot opperbevelhebber ter zee en te land, en toen Napoleon Holland in het Fransche keizerrijk had ingelijfd, verhief hij hem tot grootkruis van het Legioen van Eer en tot inspecteur-generaal van de Noordelijke zeekusten. In de maand Julij van het jaar 1811 vertrouwde hij hem het bevel over de zeemagt bij Texel vereenigd, maar weldra tastte eene ziekte, het gevolg van doorgestane vermoeijenis, hem aan en werd hij genoodzaakt zich naar Parijs te begeven,