burgemeester van Antwerpen en in Augustus 1581 de voornaamste aanlegger van een nieuwen aanslag op 's Hertogenbosch, die echter mislukte. Na dien tijd wordt zijn naam in de geschiedenis niet meer vermeld en schijnt hij zich met der woon naar Duitschland begeven te hebben.
In het 3de deel bl. 718 van dit woordenboek is een berigt gegeven omtrent Jean de Bonnot (niet Bonnat) heer van Cormaillon, tot op het jaar 1568. Eene vergelijking van dit artikel met dat van Johan Junius, hier gegeven, levert zoo veel punten van overeenkomst op, dat wij haast voor zeker zouden durven stellen, dat Jean de Bonnot één persoon is geweest met hem, die bij de onderstaande geschiedschrijvers onder den naam van Johan Junius voorkomt. Beide toch droegen dezelfden voornaam, beide bezaten dezelfde heerlijkheid, beide waren ijverige Calvinisten en voorvechters van Nederlands onafhankelijkheid, beide stonden in betrekking met den keurvorst van den Palts, en beider vrouw was Helena genaamd. Op grond van dit alles gelooven wij dat er aan de identiteit van Johan Junius en Jean de Bonnot niet meer kan getwijfeld worden.
Zie Hooft, Ned. Hist. B. X. bl. 443; Wagenaar, Vaderl. Hist. D. VII. bl. 29, 82, 423; van Heurn, Hist. van 's Hertogenb. D. II. bl. 137; te Water, Hist. van het verb. der edel. D. I. bl. 267, 268, D. III. bl. 422-244; 's Gravezande, Tweede eeuwgedacht. der Middelb. vrijh. bl. 324, 408; Wiersbitzky, de Tachtigjar. Oorl. D. II. bl. 140, 141, 440, 446, 512; Janssen, de Kerkherv. te Brugge, D. II. bl. 38, 40, 207; Groen van Prinsterer, Archiv., de Table des Matières in voce Junius; Vreede, Ned. Diplomatie, D. II. St. bl. 125.