In dat jaar nog bevorderd tot kapitein, diende hij tot 1808 bij het kadettenkorps van de marine en bij het collegie der admiraliteit. In den oorlog tegen Zweden voerde hij het bevel over een smaldeel fregatten, waarmede hij zich naar Sweaburg begaf. Vervolgens, in 1808, tot kapitein der 1e klasse bevorderd, werd hem het bevel opgedragen over eene divisie van de flotille. In de drie gevechten welke hij daarmede leverde, kenmerkte hij zich door zijn beleid en moed zoodanig, dat hij tot belooning zijner diensten met de orde van St. Wladimir en van St. Anna begiftigd werd. Nadat hem in 1809 het opperbevel over de flotille van Nieuw-Finland was toevertrouwd, ontving hij in 1813 last van den keizer, om met zijne schepen naar Dantzig te stevenen en het beleg dier stad krachtdadig te bevorderen. Ook hier gaf hij blijken van bekwaamheid en moed. De belooning bleef niet achter. De keizer schonk hem den rang van kapitein-commodore en vereerde hem een gouden eerendegen. In 1815 werd hij benoemd tot gouverneur van Sweaburg en opperbevelhebber der zeemagt in Finland, en twee jaren later tot schout-bij-nacht. De keizer was zoo zeer over zijn gedrag voldaan, dat hij hem met eigene handen met het grootkruis der St. Anna-orde versierde.
In den zeeslag van Navarino, 8 October 1826, overlaadde van Heiden zich met roem, onderscheidde zich door zijne koelbloedigheid en bewaarde zijn naam voor de vergetelheid. Hij ontving het grootkruis der Bath-orde van Engeland, van den Heiligen Lodewijk van Frankrijk en van St. George van Rusland, en werd tot vice admiraal benoemd.
In 1835 werd hij bevorderd tot admiraal en militairen kommandant van Reval. De meest beroemdste eereteekenen van de vorsten van Europa, waaronder ook de beide Nederlandsche orden, werden hem geschonken en hij was in hooge mate geëerd en bemind bij allen die hem kenden. Hij overleed in zijne genoemde betrekking te Reval den 17den October 1850. Zijne afbeelding ziet het licht zoowel naar de teekening van J.J.G. van Wicherer, gesteendrukt door Desguerrois en Co., in groot folio, als ook voor den Drentsche volksalmanak van 1839. Hij was gehuwd met eene dochter van den Zweedschen admiraal d'Akelije. Drie zijner zonen bekleeden in Rusland belangrijke betrekkingen.
Zie Drentsche Volksalmanak 1837. bl. 150-156, door ons hier gevolgd en uit medegedeelde berigten aangevuld.