Habbema was een zeer geleerd man en een naauwgezet handhaver van de regtzinnigheid in de leer, ten gevolge waarvan hij met andere godgeleerden in hevige twisten geraakte. Met zijnen ambtgenoot Le Sage ten Broek voerde hij een geschil over het borgtogtelijk lijden des Heeren, en met Petrus Hofstede gaf hij de Nederlandsche Bibliotheek in 1774 en vervolgens in het licht, waardoor hij het met de regering te Utrecht en de hoogleeraren R.M. van Goens en Petrus Burman te kwaad kreeg. De twist met laatstgenoemde wordt teregt een voorbode genoemd van die politieke oneenigheden, die daarna ons vaderland zoo deerlijk geschokt hebben.
Groot zijn de verdiensten van Habbema in het verdedigen der christelijke godsdienst. Toen namelijk aan Johannes Patijn in 1777 het emeritaat verleend was, werd aan Habbema, van wege heeren regenten van de weeskamer der stad Delft, als opvolgende executeuren van het testament van den heer Walter Senserff, opgedragen het jaarlijks houden van de acht leerredenen tegen athëisten, deïsten, joden, heidenen of andere openbare tegensprekers van het christelijk geloof. Van deze taak heeft hij zich tot aan zijn emeritaat op eene uitmuntende wijze gekweten.
Behalve de reeds vermelde Nederlandsche Bibliotheek ging van Habbema in druk uit:
Kortbondige grondvragen over Luthers Catechismus, Rott. 8o.
Historisch Verhaal nopens het gebeurde te Utrecht met de Vaderlandsche Bibliotheek, Rott. 1775. 8o.
De leer der Hervormde Kerk, aangaande het borgtogtelyke van Christus Lijden, Amst. (1783). 8o.
Zie Columba en Dreas, Naaml. der Pred. onder de classis van Dokk. bl. 199; van Abkoude, Naamreg. van Ned. Boek. D. I. St. I.; Arrenberg, Naamreg. van Ned. Boek.; Ypeij, Kerk. Geschied. van de 18de eeuw, D. II. bl. 93, D. VII. bl. 431-442; Vaderl. Hist. ten verv. op Wagenaar, D. IX. bl. 110; Ypeij en Dermout, Geschied. der Ned. Herv. Kerk, D. III. bl. 569, 631, 662; Brans, Hondertjar. Naamreg. bl. 13, 86, 99, 142; van Harderwijk, Naaml. en Levensbijz. der Predik. te Rott. bl. 89, 90; dit Woordenb. D. II. bl. 1353; Muller, Cat. van Portrett.