Institutiones pathologiae medicinalis, Lugd Bat. 1758. 8o. Lips. 1759. 8o. Lugd. Bat. 1763. 8o. Venet. 1766. 8o. Lugd. Bat. 1776. 8o. 1781. 8o. Vienn. 1781. 8o. Norimb. 1787. 8o. In het Fransch: Parijs 1770. 12o. Duitsch: Zürich 1781. Berl. 1784. 8o.
De Regimine Mentis, quod est Medicorum, Lugd. Bat. 1764. 4o.
Oratio panegyrica in auspicium seculi tertii Academiae Lugduno-Batavae 1775. Lugd. Bat. 1775. 4o. In het Holl. vertaald door P. van den Bosch en uitgegeven te Leid. 1775. 4o.
Adversaria varii argumenti, Lugd. Bat. 1779. 4o.
Opuscula academica omnia, Lugd. Bat. 1787. 4o.
Eindelijk vertaalde Gaubius uit het Latijn het werk van Johannes Swammerdam over de Insekten, en gaf het uit onder den titel van:
Bijbel der Natuur, of Historie der Insecten, Leid 1737. fol. m. pl.
In de Werken van de Hollandsche Maatschappij der Wetenschappen te Haarlem. D. I. bl. 112, komt van hem voor eene: Aanwijzing van een middel waardoor men het schadelijke mengsel van loodstoffen in wijnen met genoegzame zekerheid kan ontdekken.
Zie Boekz. der gel. Wereld, 1730, b. bl. 737, 1731, a. 708, 1734, b. 370, b. 494, 1738, b. 216, 1780. b. 744-746; Bleuland, Oratio, qua Memoria Hieronymi Davidis Gaubii, cum omnibus, tum praesertim Medicinae studiosis commendatur, Hard. 1793. 4o en het uittreksel daarvan in Algem. Konst- en Letterb. D. X. (1793) bl. 98, 99, overgenomen in het Woordenb. van G. Nieuwenhuis; Saxe, Onom. Liter. T. VIII. p. 6; Verv. op de Vaderl. Hist. van Wagenaar, D. I. bl. 41; Ferwerda, Naaml. van Boek. D. I. St. I. bl. 29; Dezelfde, Cat. Univ. D. I. St. VII. bl. 273; van Kampen, Geschied. der Ned. Letter. en Wetensch. D. II. bl. 327, 328; de Jong, Naaml. van Boek.; Siegenbeek, Geschied. der Leidsch. Hoogesch. D. I. bl. 267, 271, 296, 297, 306, 313, 314. D. II. Toev. en Bijl. bl. 191-139, 275; Collot d'Escury, Holl. roem, D. VII. bl. 144, 145, 251, 443, 447, 448; Bouman, Geschied. der Geld. Hoogesch. D. II. bl. 198; Biograph. Univ. T. VIII. p. 164, 165; Cat. van de Bibl. der Maatsch. van Nederl. Letterk. te Leid. D. II. bl. 192; Muller, Cat. van portrett.; Haeser, Leerb. van de Geschied. der Geneesk. bl. 718; Muller, Proeve eener Bibliogr. over opvoed., onderwijs enz. (1858) bl. 7.