In 1664 tot Schout bij Nacht benoemd, handhaafde hij den ouden roem in den ongelukkigen slag van 13 Junij 1665. Wat den Raadpensionaris Johan de Wit tot grooten roem werd aangerekend, het uitbrengen van de vloot door het Spanjaardsgat met een ongunstigen wind, was reeds eenige weken vroeger door Banckert verrigt, die met 17 oorlogschepen, met een W.Z.W. wind door het zelfde Spanjaardsgat was uitgezeild, gelijk dat ook in 1653 door den Vice-Admiraal de With was gedaan. Den 7 Julij 1665 werd Banckert Vice-Admiraal, en onderscheidde zich op nieuw in den vierdaagschen zeeslag in 1666, waar zijne onversaagdheid de overwinning hielp bevechten.
Niet zoo gelukkig was Banckert in den zeeslag van 4 Aug. 1666, toen hij zoo door de Engelschen beklemd werd, dat hij, liever dan zich over te geven, na eerst zijn volk in de hooten te hebben geborgen, zijn zinkend schip in den brand stak, en zich op een ander redde. Kort daarna ontzette hij met zijn smaldeel drie afgedwaalde Nederlandsche schepen, welke bijna in de handen der Engelschen waren gevallen. Bij den togt op Chatham was hij niet tegenwoordig, dewijl zijn schip niet spoedig genoeg bemand was; hij kwam nadat de zege was bevochten, doch bleef nog op de Theems met een smaldeel van 14 ligte schepen om de Engelschen verder afbreuk te doen.
Hij werd den 20 Augustus 1666, in plaats van den gesneuvelden Jan Evertsen, tot Luitenant Admiraal van Zeeland benoemd, en had in dien rang het opperbevel over een der smaldeelen onzer vloot in den oorlog tegen Engeland en Frankrijk in 1672 en 1673. In al de zeestrijden dezer jaren vocht hij met roem en geluk, gewoonlijk tegen de Fransche vloot met de Engelsche vereenigd.
Nog eens ging hij in zee onder den Luitenant Admiraal Tromp in 1674, naar de Fransche en Spaansche kusten, een togt die veel scheen te beloven en niets opleverde. Van daar terug gekeerd bleef hij te huis, onvergenoegd, omdat hij, de Luitenant-Admiraal van eene provincie, onder het bevel van den tweeden Luitenant Admiraal eener andere provincie, Aart van Nes, gesteld werd. Hoewel het hem hard viel, onderwierp hij zich, maar de Staten van Zeeland hielden deze schikking (en met reden) voor eene belediging hun aangedaan, en zonden Banckert niet meer in zee.
Hij nam in 1678 zitting in den Raad der Admiraliteit van Zeeland, en overleed in 1684 te Middelburg, den roem nalatende van braafheid, opregtheid, moed, getrouwheid en gematigdheid. Zijn graf was in de St. Pieters of Oude Kerk te Middelburg. Driemalen was hij gehuwd, eerst met Adriana Pieterse Ita, waarschijnlijk eene dochter van den Admiraal Pieter Adriaans. zoon Ita, daarna met Agatha Anthonis van der Maerse en eindelijk met Johanna Constantia Cau, weduwe van Samuël Bisschop. Bij de eerste en derde had hij geene kinderen,