In de gespannen augustusdagen van 1944 moest het kasteel ontruimd, en de schatten op transport gesteld worden. Terwijl Bouchery zich beijverde om als bemiddelaar op te treden, werd hij door een verdwaalde kogel getroffen. Gelukkig niet levensgevaarlijk.
Maar ook aan de oorlogsbeproeving kwam een einde, wat voor Bouchery een blije verrassing met zich meebracht, nl. zijn aanstelling tot docent aan de Rijksuniversiteit te Gent.
Hij kreeg er de opvolging van August Vermeylen, die zijn leermeester was geweest en hij moest college geven in de Kunstgeschiedenis, de Oudheidkunde en de Plastische Kunsten tijdens de Middeleeuwen en de Renaissance. In 1946 zouden daar nog aan toegevoegd worden de Kunstgeschiedenis in de Oudheid, de Griekse Kunst en de Romeinse Kunst. Die leeropdracht was zwaar, maar Bouchery was steeds een schitterend student geweest, hij had een uitstekende opleiding en voorbereiding gekregen en hij spaarde zich niet. Misschien heeft het zware werk van die jaren zijn gestel ondermijnd.
Reeds in 1948 wordt hij ordinarius en tijdens de korte spanne die hij nog te leven zal hebben, worden hem de diverse ambten op de schouders gelegd die bij zijn functie horen. Geen enkele van die verplichtingen is hij uit de weg gedaan.
Bouchery was een voorbeeldig professor. Hij maakte het zich niet gemakkelijk. Dat heeft hij zijn hele leven niet gedaan. Maar hij werkte overtuigend en ‘anregend’ op zijn studenten. Hij was bovendien een man met een eigen levensstijl, met een ingeboren adel en voornaamheid.
Al had hij nu de handen vol met zijn cursussen over de Kunstgeschiedenis, zijn oude liefde voor het Humanisme was niet dood. Vooral de figuur van Lipsius boeide hem.
Reeds tijdens zijn conservatorschap te Antwerpen, had hij er aan gedacht Justus Lipsius, ‘de grootste der laat-zestiende-eeuwse humanisten,’ wie het Plantijnse Huis ‘als een tweede tehuis lief was,’ in zijn studie te betrekken. Een kritische uitgave van het Epistolarium, enigszins naar het voorbeeld van Allen's standaarduitgave van de brieven van Erasmus, zweefde hem daarbij voor de geest en hij had een omvangrijk materiaal met het oog op de uitgave verzameld. De omstandigheden echter waren van die aard, dat hij zijn krachten versnipperen moest en woekeren met zijn tijd.
Toen in 1947 het vierhonderdste geboortejaar van Lipsius werd herdacht, was het vanzelfsprekend dat op Bouchery beroep zou worden