Echter lieten deze hem niet ongemoeid; menigvuldige ziekte in zijn gezin noopte Kühler herhaaldelijk zijn aandacht te geven aan andere belangen als de geschiedschrijving der Doopsgezinden. Hierbij mochten zijn scherpe verstand en zijn fenomenale geheugen hem tot grooten steun wezen, nochtans was Kühler, met name in de compositie, geen snelle werker. Velen begonnen dan ook te vreezen, dat het voor hem niet zou zijn weggelegd, te voldoen aan de gewekte hoop op het boekstaven der Doopsgezinde geschiedenis. Het was zoo voor hen als voor degenen, die den moed op Kühler's slagen niet hadden opgegeven, een oorzaak van vreugde, toen in 1932 de Geschiedenis der Nederlandsche Doopsgezinden in de zestiende Eeuw het licht zag. In het tenzelfden jare verschenen Gedenkboek der 300 jaren Amsterdamsch Hooger Onderwijs verzorgde Kühler een bijdrage over De Kerkelijke Seminaria, welke, zich bewegend in een later tijdsgewricht dan het hem gewone, blijk geeft van zijn uitgebreide kennis ook van dien tijd.
Bij dit derde eeuwfeest der Universiteit van Amsterdam viel Kühler als vertegenwoordiger der Faculteit van Godgeleerdheid de benoeming ten deel tot Ridder in de Orde van den Nederlandschen Leeuw. Deze onderscheiding heeft hem ongetwijfeld goed gedaan evenals de huldiging, die hem in 1938 van oud-leerlingen en vrienden bij zijn 25-jarig professoraat ten deel viel, waarbij hem zijn portret, door Georg Rueter geschilderd, werd aangeboden.
De gunstige ontvangst, die zijn levenswerk, waarin streng wetenschappelijke behandeling hand in hand gaat met de leesbaarheid als van een roman, bij geleerd en ongeleerd, binnen en buiten de broederschap vond, heeft Kühler ertoe bewogen daaraan voortzetting te geven. In Januari 1940 voltooide hij de eerste helft van het tweede deel van zijn boek, onder den gewijzigden titel Geschiedenis van de Doopsgezinden in Nederland 1600-1735. Aan het slot stelt de schrijver een vervolg in uitzicht, dat den strijd zal behandelen, die zich dan reeds afteekent, en voorts een blik zal slaan op het gemeentelijk, het godsdienstig en het zedelijk leven der Doopsgezinden en het aandeel, dat ze aan de cultuur der 17e eeuw hebben gehad.
Het is Kühler slechts zeer ten deele gegeven, dit tot uitvoering te brengen. Eerlang kwam de oorlog binnen onze landspalen. De zorg voor kinderen, zoo in Nederland als op Java, paarde zich aan de zorgen en ziekten in het gezin van Kühler, bij wien reeds in 1936 zich een hartlijden had aangekondigd. Plichtmatig als steeds, zette Kühler in