Van 1686 tot 1697 was hij eigenaar van de rijke hofstede ‘Duyn en Vaert’ te Heemstede en sedert 1691 schepen van Amsterdam. In 1699 werd hij benoemd tot opvolger van zijn vader, met den titel van gouverneur en raad-extraordinair van Indië. Ook zijn bestuur was in den aanvang goed; hij bracht tal van verbeteringen aan, bouwde een nieuwe kerk en voerde een aantal europeesche gewassen in. Weldra echter begon zijn hebzucht hem parten te spelen.
Bij een bezoek van den raad van Indië en commissaris Wouter Valckenier liet hij zich door dezen een stuk land van 400 morgen in Hottentots Holland schenken; eerst jaren later zouden bewindhebbers dit te weten komen. V.d. Stel liet er een reusachtige landbouwkolonie op aanleggen, Vergelegen genaamd, terwijl zijn jongere broer Frans een er naast gelegen stuk, Parel Vallei, exploiteerde; de ontginning dezer particuliere landen geschiedde vrijwel geheel met 's Compagnies materiaal en personeel, waarbij de gouverneur geholpen werd door een kliek machtige aanhangers, die eveneens bun slag wisten te slaan. In 1705 zonden 63 vrijburgers heimelijk een zeer uitvoerige aanklacht tegen van der Stel en zijn medestanders naar den gouverneur-generaal in Indië en de Heeren-XVII in het vaderland; in deze 38 artikelen tellende aanklacht wordt er op gewezen, dat de gouverneur en zijn vrienden zich op allerlei onwettige manieren verrijken, hun ambtsplichten verwaarloozen en een terreur uitoefenen jegens de europeesche kolonisten en de Hottentotten; behalve enkele met name genoemde ambtenaren, waaronder de predikant, Ds. Kalden, was vooral des gouverneurs broeder, de beruchte Jonker Frans, een der voornaamste werktuigen van van der Stel. Deze kreeg in begin 1706 kennis van het verzenden van het klaagschrift - zijn broeder Adriaen, lid van den raad van Indië, had hem de namen van de onderteekenaars gezonden -; hij liet den eersten onderteekenaar, Adam Tas, in de gevangenis werpen en 5 andere als ‘mutineerders’ naar Holland opzenden. Daar stelden bewindhebbers een ernstig onderzoek in en bij resolutie van 30 Oct. 1706 werden alle beschuldigde ambtenaren ontslagen en naar Nederland opgeroepen om zich te verantwoorden. Vergelegen moest ten bate van de Compagnie worden verkocht, het heerenhuis afgebroken en het gewelddadig genomen vee aan de eigenaars teruggegeven. Jonker Frans werd voor eeuwig uit 's Compagnies
gebied verbannen. Eerst ruim een jaar na ontvangst van dit bevel gaven van der Stel en de zijnen er gehoor aan; in dien tusschentijd wisten zij, vaak door intimidatie, tal van getuigenissen a décharge te verzamelen, Vóór hun vertrek met de ceylonsche retourvloot van 1708 gat de oude Symon v.d. Stel op Constantia een schitterend afscheidsfeest, waaraan, behalve alle ontslagenen, de admiraal der retourvloot en de nieuwbenoemde gouverneur, Louis van Assenburg, deelnamen! In Nederland werden allen uit 's Compagnies dienst ontslagen. Van der Stel diende nu een zeer uitvoerige Deductie (174 pagina's druks) in, waartegenover de hoofdopposanten Tas en van der Heyden een Contra-deductie indienden, gesterkt door tal van verklaringen van kaapsche ingezetenen. Hiermede was de zaak afgedaan. Willem Adriaen overleed 1 Juli 1723 te Amsterdam.
Zie voor de v.d. Stel's: Godee Molsbergen, Reizen in Zuid-Afrika in de Hollandse tijd (uitg. der Linschoten-Vereeniging), blz. 1-111; Theal, History of South- Africa I, 259 e.v.; Waterhouse, Simon van der Stel's Journal