daarvoor kunnen optreden, maar hij bedankte voor beide benoemingen, omdat hij 30 Mrt. benoemd werd tot secretaris van het comité van Buitenlandsche Zaken, ingesteld door de Nationale vergadering. Hij werd denzelfden dag benoemd tot curator der leidsche universiteit.
Het comité, van hetwelk hij secretaris was, werd ter gelegenheid van den staatsgreep van 22 Jan. 1798 ontbonden en de leden gevangen gezet. Hij geraakte daardoor buiten betrekking en werd ook niet in een andere benoemd, omdat hij den nieuwen machthebbers te gematigd was.
Nadat meer gematigde mannen door den staatsgreep van 12 Juni 1798 aan het bewind gekomen waren, werd van Leyden op 15 Juli d.a.v. in het district Leiden 1 tot lid der Nationale vergadering gekozen. Hij was hier een zeer werkzaam lid en werd dikwijls tot rapporteur over wetsontwerpen gekozen. Van 13 tot 25 Aug. was hij president. Op 16 Oct. 1798 werd hij op zijn verzoek als curator eervol ontslagen.
Op 6 Apr. 1800 deed hij een voorstel tot organisatie der rechterlijke macht, die nog niet van de administratieve afgescheiden was; hij wilde rechtbanken en vredegerechten invoeren, zooals later ook geschied is.
Hij werd lid eener commissie tot herziening der constitutie. Zij bracht 20 Mei 1801 rapport uit. Voor de periodieke verkiezingen van 28 d.a.v. verzocht hij niet in aanmerking te komen. De voorstellen der commissie werden verworpen.
Hoewel hij een der hoofdaanleggers van den weder meer reactionnairen staatsgreep van 19 Sept. 1801 was, bleef hij buiten betrekking, totdat hij 1 Mei 1804 tot lid van het uit 15 leden bestaand bestuur van het departement Holland gekozen werd.
Op 6 Mei 1805 benoemde de raadpensionaris Schimmelpenninck hem in het slechts 19 leden tellend wetgevend lichaam, en wel als vertegenwoordiger van het departement Holland, wel een bewijs, dat deze, die er op uit was, zooveel mogelijk bekwame zij het ook reactionnaire mannen te kiezen, hem hoog schatte.
Toen Schimmelpenninck 4 Juni 1806 ontslag nam en C. de Vos van Steenwijk tot 18 d.a.v. het raadpensionarisschap waarnam, werd van Leyden door zijn medeleden in diens plaats gekozen tot waarnemend voorzitter van het wetgevend lichaam.
Koning Lodewijk benoemde hem 25 Sept. 1806 tot lid van het, nu uit 39 leden bestaand, wetgevend lichaam. Als zoodanig werd hij met twee anderen naar Frankrijk afgevaardigd. Zij sloten daar 11 Nov. 1807 namens den Koning het verdrag van Fontainebleau.
Op 30 d.a.v. verwisselde hij bovengenoemd ambt met dat van lid van den Staatsraad. Op 17 Mei 1808 werd hij benoemd tot minister van Binnenlandsche Zaken, maar reeds 28 Dec. d.a.v. gaf de veranderlijke vorst hem eervol ontslag.
Hij bleef ambteloos tot de bevrijding en toen benoemde de Souvereine Vorst hem 6 Apr. 1814 tot gouverneur van het zuidelijk deel van de provincie Holland, ter standplaats 's Gravenhage. Dit deel werd afzonderlijk van het noordelijk deel bestuurd, alleen voor de verkiezing van leden der Tweede Kamer vormden zij een geheel. De staten van geheel Holland vergaderden het eene jaar onder zijn voorzitterschap te 's Gravenhage, het andere onder dat van zijn ambtgenoot van Tets van Goudriaan te Haarlem.
Op 16 Oct. 1815 werd hij benoemd tot curator der leidsche universiteit, uit welk ambt hij 17 jaren te voren was ontslagen.