Niettegenstaande deze minder gunstige huiselijke omstandigheden ontving de jeugdige Macdonald, door ondersteuning van een landgenoot van zijn vader, lord Thomas Nairn, eene goede opleiding te Parijs in het instituut van den ridder Pawlet, een soort academie voor jongelui uit den gegoeden stand, waar hij tot militair ingenieur zou worden opgeleid. Bij zijn eerste examen voldeed hij evenwel niet. Korten tijd daarna ging generaal Maillebois met een aantal officieren en een nieuw geworven korps naar de Republiek der Vereenigde Nederlanden, om daar tot opperbevelhebber van het Hollandsche leger te worden benoemd in den strijd tegen keizer Jozef II; door protectie werd Macdonald als luitenant bij dit legioen ingedeeld. Zoo heeft hij hier te lande zijn eersten diensttijd als officier vervuld in den Bosch, Arnhem, Nijmegen, plaatsen, die hij later meermalen zou terugzien.
Had hij gehoopt, zich spoedig in den oorlog te zullen onderscheiden, de omstandigheden waren hem daartoe niet gunstig. De vrede te Fontainebleau (8 Nov. 1785) maakte een einde aan de geschillen tusschen Jozef II en de Staten, en Macdonald keerde met eene kleine geldelijke schadeloosstelling naar Frankrijk terug. Daar trad hij weer als cadet in dienst bij het regiment van graaf Arthur Dillon.
Bij het begin der revolutie was hij luitenant; bij het uitbreken van den oorlog werd hij adjudant, eerst van gen. Beurnonville, daarna van Dumouriez, met wien hij den veldtocht in het Argonnerwoud en den slag bij Jemappes (6 Nov. 1792) medemaakte. Beurnonville, die hem had leeren kennen, reikte hem, nadat hij minister van oorlog geworden was (5 Febr. 1793), te Parijs het brevet van kolonel van het regiment van Picardië uit. In het leger teruggekeerd, werd hij nog in hetzelfde jaar door den generaal enchef Houchard tot brigade-generaal bevorderd (Aug. 1793). Ingedeeld bij de divisie-Souham, maakte hij deel uit van het Noorder-leger, hetwelk onder Pichegru in 1794 de Oostenrijksche Nederlanden heroverde en daarna den inval deed in onze Republiek. Hij was tegenwoordig bij het gevecht bij Boxtel (14 Sept.), bij de inneming van 's Hertogenbosch (9 Oct.), voerde het bevel bij den overtocht der Fransche troepen over de toegevroren Waal bij Nijmegen (vóór welke stad hem zijne benoeming tot divisie-generaal (28 Nov. 1794) bereikte) en achtervolgde het Engelsche leger, dat op de Eems terugtrok, tot in Friesland en Groningen. Hier voerde hij eenige maanden het bevel over de divisie-Souham, bij afwezigheid van haren commandant.
Toen deze in het eind van Mei 1795 was teruggekeerd, werden aan Macdonald achtereen volgens commando's opgedragen in de provinciën Utrecht, Holland en Zeeland. 5 Sept. kwam hij in Middelburg. Hier werd hij zoodanig door de Zeeuwsche koortsen aangetast, dat men voor zijn leven vreesde en hem een verlof naar Frankrijk verleend werd.
Eerst 26 Febr. 1796 kwam hij in Middelburg terug; doch toen de koortsen hem weder overvielen, deed Beurnonville, die Moreau in het opperbevel over het Noorder-leger was opgevolgd, hem in het laatst van Mei door gen. Souham aflossen ten einde hem de gelegenheid te geven tot algeheele herstelling. In de volgende maand betrok een deel van het Noorder-leger een kamp bij Gorssel. Aan Macdonald werd het bevel daarover opgedragen. Terwijl hij bezig was aldaar zijne troepen te oefenen, werd Jourdan, de commandant van het Sambre-en-Maas-leger, bij