gevechten van Jemappes, Fleurus, Neerwinden, Rijssel en Meenen, waar hij gewond werd. 24 brumaire an II (14 Nov. 1793) werd hij bij het leger van Jourdan tot brigade-generaal en 8 pluviose d.a.v. (27 Jan. 1794) tot divisie-generaal bevorderd. Zijne onstuimige dapperheid, gepaard aan eene zekere barschheid in zijn optreden, deed zijn gemis aan militaire kundigheden minder aan het licht komen en onderscheidde hem in de oogen van de vertegenwoordigers van de Conventie zoodanig, dat hij, onder het opperbevel van Pichegru, werd aangesteld tot commandant van het Ardenner-leger, hetwelk evenwel in het laatst van Mei en de eerste helft van Juni 1794 in den omtrek van Charleroi door vorst von Kaunitz en den prins van Oranje (den lateren koning Willem I) tot viermaal toe over de Sambre werd teruggeworpen. Hij voerde daarna eenigen tijd het bevel over de troepen, die Charleroi insloten. Hoewel de representant Saint-Just, die evenzeer militaire bekwaamheid miste, de eigenlijke leider dier krijgsbewegingen was geweest, werden de geleden nadeelen vooral aan Charbonnier geweten, en werd hij dientengevolge naar Parijs ontboden. Hij gaf hieraan geen gehoor, maar trok zich in zijne geboorteplaats Clamecy terug, waar hij door zijne medeburgers tot bevelhebber over het legioen der nationale garde benoemd werd. In het jaar 1795 werd hij evenwel door het Directoire weder in dienst gesteld als commandant van Boulogne, welke betrekking hij achtereenvolgens nog in Givet, Charleroi, Luik en Maastricht bekleedde.
Waarschijnlijk is hij omstreeks 1800 tot vestingcommandant (commandant d'armes) van laatstgenoemde plaats benoemd. Toen in 1809 bij de landing der Engelschen in Zeeland van alle zijden Fransche troepen werden bijeengetrokken, om dien inval te keeren, ontving ook Charbonnier in het laatst van Juli bevel, om met alle beschikbare manschappen der depots van de dragonder-regimenten en het 22e linie-regiment naar Antwerpen op te rukken; 2 Aug. kwam hij aldaar aan. Hem werd, onder het opperbevel van generaal Rampon, het bevel opgedragen over een der Fransche divisiën, waarmede hij bij Doel den linker Schelde-dijk moest verdedigen. Zijn hoofdkwartier was te Calloo. Onder hem diende de Fransche generaal Clément. Toen gebleken was, dat de Engelschen zich op het vasteland niet konden uitbreiden, was Charbonnier in het begin van October weder in Maastricht terug.
Bij het oprukken der Verbondenen tegen Frankrijk in 1814 werd Maastricht den 8en Januari berend. Charbonnier was er nog vestingcommandant, ofschoon generaal, graaf Merle, als commandant van de 25e (territoriale) divisie (een deel van België omvattende), er het opperbevel voerde. Achtereenvolgens ingesloten door Pruisische, Russische, Zweedsche en Saksische troepenafdeelingen, bleef de vesting, hoewel van een eigenlijk beleg geen sprake was, voor het Fransche bestuur bewaard, totdat Lodewijk XVIII bevel tot ontruiming gaf. 4 en 5 Mei trok het garnizoen uit, en daarmede kwam Maastricht, na van 7 Nov. 1794 af tot Frankrijk te hebben behoord, onder Nederlandsch bestuur terug. Luitenant-generaal du Pont nam de vesting uit handen van den Franschen gevolmachtigde, generaal Martial, over, en benoemde er tot commandant kolonel M.J.N. van der Maesen.
Charbonnier ontving van Lodewijk XVIII het ridderkruis van Saint-Louis en verliet in het begin van 1815 den militairen dienst. Hij overleed 2 Juni 1833.
Zie: Fastes de la légion d'honneur (Paris 1845)