Sandifort te kunnen opvolgen. Met dit doel voor oogen vertrok hij in Maart 1846 naar Berlijn, was gedurende een jaar prosector bij Schlemm en oefende zich zóó in de techniek van het praepareeren, dat hij reeds toen eene bijdrage leverde Over den nervus interosseus cruris, welke werd opgenomen in Müller's Archiv f. Anatomie, 1847, 303. In Mei 1847 ging hij naar Leipzig, waar hij de lessen in anatomie en physiologie van Ernst Heinrich en Eduard Weber volgde en daarna (April 1848) naar Praag om zich bij Dittrich in de pathologische anatomie en bij Oppolzer en Pitha in de ophthalmologie en de operatieleer te oefenen. Tijdens zijn verblijf aldaar overleed Sandifort en werd hij als zijn opvolger benoemd tot buitengewoon hoogleeraar bij de geneeskundige faculteit te Leiden. Deze betrekking aanvaardde hij op 30 Sept. 1848 met het houden eener redevoering, De Albini anatomiae tractandae methodo, comparata cum ea, quam nostra tempora sibi deposcunt (L.B. 1848). In deze oratie wees hij er op, dat de wijze van werken verandering moest ondergaan en het microscopisch en scheikundig onderzoek meer op den voorgrond moest treden, dat de verzameling van anatomische praeparaten te Leiden voor het onderwijs beschikbaar niet goed en volledig was, en dat de opleiding der aanstaande studenten in de geneeskunde gewijzigd moest worden in dien zin, dat op de gymnasia door hen meer werk moest worden gemaakt van de studie der natuurwetenschappen en de philologische vakken niet zooveel tijd in beslag moesten nemen. Terwijl langzamerhand de verzameling van anatomische praeparaten onder zijne leiding en medewerking verbeterde en de hulpmiddelen voor zijn onderwijs in de physiologie vermeerderden, kreeg hij ook gedaan, dat er in 1851 een
prosector bij het anatomisch kabinet werd aangesteld, welke het geven der lessen over de ziektekundige en microscopische ontleedkunde op zich nam. In 1857 werd Halbertsma benoemd tot gewoon hoogleeraar. Onvermoeid bleef hij werkzaam om zijn onderwijs te verbeteren en een belangrijken stap in die richting deed hij in 1861, toen hij de beschikking kreeg over een afzonderlijk gebouw voor de anatomie, dat op de ‘kleine Ruine’ was opgericht ter vervanging van de lokalen, die tot dusver beschikbaar waren geweest in het gebouw op het Rapenburg, waarin tevens de academische bibliotheek gevestigd was. Hij was niet zoo gelukkig voor het andere vak van onderwijs, nam. de physiologie, dat ook aan hem was toevertrouwd, eveneens een aan de eischen des tijds beantwoordende inrichting te krijgen, en in de oratie, waarmede hij op 8 Febr. 1865 het rectoraat neerlegde, getiteld: De iis quae Academiae Lugduno-Batavae Anno 1864-1865 tristia et laeta acciderunt (L.B. 1865), drong hij er nog eens met kracht op aan, dat niet alleen zou worden voorzien in de behoeften voor het geven van goed onderwijs in de physiologie, maar ook, dat er voor dit vak een afzonderlijke leerstoel zou worden opgericht.
Toen hij ongeveer een jaar later overleed, werd aan dien wensch gevolg gegeven door de benoeming van twee hoogleeraren, waarvan de een de anatomie en de ander de physiologie zou doceeren. Werd Halbertsma als docent door zijne leerlingen in hooge mate geëerd, als mensch verwierf hij ook de achting en liefde van talrijke vrienden, die den huiselijken omgang met hem en zijne vrouw zeer op prijs stelden. 26 Juni 1851 was hij gehuwd met Jacoba Sophia Hamaker, dochter van Hendrik Arent Hamaker (kol. 533) geboren te Leiden 10 Aug. 1827, overl. te Hil-